兵与贼、古与今，看似阴阳相对的世界，因为命运的巧合，打开了跨越二百年时空的交接点，亦为一个有血有泪、有情有义的故事揭开序幕。香港特别行政区女警黄娣妹（陈凯琳饰）在长洲缉捕贼王Bowie（陈展鹏饰），枪战期间，娣妹幸得在张保仔洞拾获的古钱挡了致命一击，大难不死。娣妹锲而不舍出海追贼，谁知水龙卷突然出现，连人带艇将娣妹卷走，一阵天旋地转后，娣妹竟猛然置身清代嘉庆年间的海上战场……海盗的世界弱肉强食，在广东一带的海域，由红旗帮和黑旗帮各占鳌头，互不相让。红旗帮的张保仔（洪永城饰）自小被头目郑一收养，经历无数磨练，至今已是独当一面的海盗。有一次，红旗帮与清廷水师短兵相接，其间，保仔发现官船上的娣妹身穿怪服、配戴奇枪，有感她身份可疑，于是将她捉回水寨。红旗帮的水寨虽然品流复杂，但不少海盗拥有赤子之心，奈何官逼民反，才落草为寇。保仔的手下孙秀才及刘星，二人一文一武各有性格，经常为水寨炮制笑声。而娣妹“加入”之后，亦不时因为古今的文化差异，令水寨更为热闹。有一次娣妹误闯九龙庙，意外令保仔中毒，娣妹以人工呼吸救活保仔，居然让保仔以为二人接吻而动情。看似老套的桥段，在古代原来是一种浪漫。清廷水师屡战屡败，决定重整旗鼓收拾海盗。保仔不敢怠慢，消灭黑旗帮坐大势力。清军与海盗正要交战之际，娣妹却动之以情，劝保仔接受招安。保仔深知手下开始有厌战之心，计划收兵接受招降。谁知此时郑一被杀，其妻石娇（邵美琪饰）坚称是清兵所为，海盗间群情汹涌，誓要与清兵决一死战。可是，保仔与娣妹却发现事件内有乾坤。宫廷的世界跟红顶白，嘉庆的后宫人众，其中淳贵妃与炎贵妃的派别不时明争暗斗。淳贵妃的儿子旻皓（陈展鹏饰）贵为十一贝勒，一直得不到父皇赏识，眼见南海盗寇为患，决定自告奋勇领兵平定。炎贵妃深怕旻皓藉此立功，不但要求身任水师提督的二叔霍尔泰处处掣肘，又安排宫女夏婵留在旻晧身边，令旻皓腹背受敌。旻皓得买办商人黄逸轩协助，购得威力惊人的洋炮参战，屡立战功。旻皓在保仔军中生擒来历不明的娣妹，希望从她口中套取海盗大本营的情报，可是万试不灵。适逢太子崩殁，旻皓面对政治两难，此时娣妹利用现代仪器翻查史料，替旻皓解决问题，加上二人朝夕相处，令旻皓渐对这位奇女子心生好感。另一方面，旻皓平定海盗，使嘉庆刮目相看，而太子之位悬空，旻皓有望继承大统，苦尽甘来。怎料有人从中作梗，宫廷中更多的阴谋诡计被逐层揭开。娣妹在古代期间一直寻找回到未来之法，机缘之下遇上太麻朱淑君（黄智雯饰），还得悉逸轩原名树根，正是自己的太爷。可是当时逸轩对淑君毫无爱意，若二人不能结合，娣妹便会在世上消失，因此她要千方百计成就历史，避免自己灰飞烟灭。另一方面，旻皓不想成为宫廷斗争的牺牲品，毅然不爱江山爱美人，南下广东找娣妹，遇上暹罗海盗首领乌素娜（朱璇饰）苦缠。天狗食日将至，水龙卷会再次出现，亦正是娣妹回到现代之时。保仔协助娣妹回到未来，可是诀别之际，旻皓竟与保仔打起架来。
