100年前,沙漠城市“荒漠市”因为宝可梦们的对战而遭受极大损害。这场对战的开端,则源自某只宝可梦的存在。这只宝可梦被某人封印后,如今荒漠市又恢复了以往的宁静。小智与皮卡丘等人在旅行途中,遇见拥有“能取出任何物体的光环”的幻之宝可梦——胡帕,以及照顾它的少女——梅雅利。爱捣蛋的胡帕,以从神奇光环中拿初塔最爱吃的甜甜圈,还有各种物品来吓人为乐。爱捣蛋又天真的胡帕,还称呼小智和皮卡丘为“小知”和“皮卡”。成为好朋友的胡帕跟小智等人一起旅行。抵达荒漠市的小智一行人遇见了梅雅利的哥哥——巴尔札。但是,巴尔札的样子似乎有点奇怪。小智他们仔细一看,发现他手里拿着据称封印了过去破坏荒漠市的宝可梦的“惩戒之壶”。壶里散发出一股邪恶气息。惩戒之壶的封印,似乎在经历漫长的岁月后被解开了。这时,具有相同气息的传说中的宝可梦们出现了!原始固拉多、原始盖欧卡、帝牙卢卡、帕路奇犽、骑拉帝纳,还有酋雷姆。这样下去,荒漠市会有危险的——胡帕为了保护荒漠市,用光环“捞”出全新的传说中的宝可梦!小智等人是能否与胡帕“捞”出来的传说中的宝可梦们一起守护荒漠市呢?而这股邪恶力量的真面目究竟又为何物?此刻,精灵宝可梦电影史上最壮烈的对战开始了!