该剧主要讲述民国初年,江南叶家古镇,首富叶家寿宴当日被灭满门,所有死者的尸体上都出现了神秘的黑紫色纹理。为了尽快平息此事镇长限期5日内必须破案,随着调查的深入,叶家灭门案真相逐渐浮出水面,原来真凶的目的竟然是想利用上古法阵修炼成九尾狐妖。危机下阿离被封印的记忆解开,原来她竟然是九尾狐纯血后裔,觉醒的阿离能否阻止曲南燕进化的阴谋。叶家灭门案还未正式结案,沈琦遗骸竟又引发灵异之事。幸好沈琦表妹——留学多年的物理学家沈玉及时回国,利用量子物理中针对“暗物质”的研究成果,发现原来巫女曲南燕并未死去,还附身到叶家老太太身上。曲南燕的诡计被识破后,杀害叶老太太并盗走《山海经异术录》重塑身体。复原后的曲南燕更加疯狂,从操纵尸偶袭击众人,到控制叶家镇的镇民成为自己修炼九尾狐的工具。阿离、包天耀、春翰三人在沈玉的帮助下开始拯救镇民,谁知曲南燕竟控制了阿离最亲的儿时伙伴阿忠,杀害了春翰探长,阿离无奈用狐火烧死阿忠。面对亲人、挚友的死亡,阿离、包天耀、沈玉三人痛苦万分。此时,叶家镇陷入了空前的危机。沈玉利用阿离血液中的能量发明了暗物质能量枪,阿离和包天耀继续阻止曲南燕将镇上人们变成尸偶,最终阿离以妖丹之力注入暗物质能量枪中战胜曲南燕。