有了中基会对服务方向的定调，其附设的“社会调查部”就显得有些尴尬和多余，亲主其事的陶孟和也越来越感到这样一个非自然科学研究的机构隶属于中基会，实乃权宜之计，对于调查研究事业的发展，终非所宜。为此，陶氏在苦恼中觉得这一机构非独立不能发展，便有了拉杆子闹革命，另立山头的打算。1928年，陶孟和在给正在上海中国公学做校长的胡适信函中披露了当时的心情和渴望独立的计划：“现有一件事，打算请你特别帮忙，就是扩大我们这个小机关并且使他独立的事，现在能够明白社会科学研究重要的人很少，就是稍为明白，也缺乏远大的眼光。像这个小机关永远做一个行政机关的小附庸，终非长久之策。还不如索兴停止了罢。”陶孟和所说的“停止”当然是一时的气话，他心中想的不但不是停止，而是独立和壮大。他继续说道，“我现在正起草一种意见书及计划，将来请你教正，并且希望你在明年二月大会里有所主张——如你赞成的话。”

在中国学术界早已暴得大名的胡适是中基会的董事之一，对内部人事有相当的影响力，陶孟和希望他能鼎力相助促成此事。紧接着，陶氏又叙说了一番自己的另一种苦闷：“北京自从诸友人去后，又经变成沙漠似的枯寂。我们所过的是离群索居的生活。我每天除了八小时的公事外，便是在家庭里。小孩们因为请不到合适的先生，太太也变成老夫子了。”陶氏的这种苦闷，很难向外人道及，也只有对胡适这样的好友才能略加表白。不过即使向外人道，也未必能得到多少理解。当年由林徽因、沈从文鼎力提携和栽培的记者兼作家萧乾，在许多年后的1994年8月，写了一篇《我的书房史》的文章，其中有一段涉及陶孟和，文章说：

我生在贫苦人家。小时睡大炕，摆上个饭桌它就成为“餐厅”，晚上摆一盏煤油灯，它就是“书房”了。可是我老早就憧憬有一间书房——一间不放床铺、不摆饭桌、专门供读书写文用的地方，对于读书人或文学工作者，不应说它是个奢侈，那就像木匠的作坊。然而它在我大半生中都曾经是可望而不可即的。

二十年代初期，我每天都去北京安定门一条胡同去上小学，在三条拐角处有一排槐树，旁边是一道花砖墙，通过玻璃可以看到那栋洋式平房里临街的一间书房——后来才知道它的主人就是社会科学家陶孟和。平时窗上挂了挑花的窗帘，看不清里面。冬天黑得早，书房里的灯光特别亮。我有时看到主人在读书或伏案写作，有时又叼着烟斗在一排排书架中间徘徊。当时我小心坎上好像在自问：我长大后有一天会不会也有这么一间书房？

雾中看花的萧乾，眼见的朦胧影像是美好的，在他童年的心灵里羡慕这间如同天堂般书房的同时，也一定猜想生活在里面的主人的生活该是多么惬意和无忧无虑的吧。岂不知此时陶孟和心中却凝结着巨大的孤寂与落寞。

自1928年6月，国民党北伐成功，定都南京，改北京为北平，随着政治重心南迁，中基会人事也随之变更。1929年1月4日，在杭州新新旅馆召开的第三次董事常会上，周诒春被当时的副董事长蔡元培，董事蒋梦麟、胡适、翁文灏、颜惠庆、顾临、贝诺德、司徒雷登、孟禄等人整肃掉，由蔡元培出任董事长，孟禄、蒋梦麟为副董事长，翁文灏、赵元任为执行委员，与胡适在美国留学时的同学加好友任鸿隽（南按：胡适自称与任鸿隽及夫人陈衡哲为共同的朋友），当选为董事、名誉秘书、干事长，中基会的大权落到了蔡元培与任鸿隽手中，而身兼三职的任鸿隽则成了名副其实的掌柜大臣。此次大会，胡适因董事任期已到，辞职并被接受。与胡适处于相同原因辞职的还有郭秉文、顾维钧、张伯苓、颜惠庆、周诒春，分别由汪兆铭、孙科、李煜瀛、伍朝枢、任鸿隽、赵元任继任该职。因胡适的特别处境，此次会议对陶孟和所托之事似乎没有什么明显“主张”，除会议“议决拨付国币八千元，作为社会调查部基金本年之息金，拨入该部存帐备用。”没有其他记录在案的明显动作。

同年6月29—30日，中基会第五次年会在天津利顺德饭店举行，出席者为蔡元培、蒋梦麟、任鸿隽、翁文灏、赵元任等人。会议其中一项为改选董事。因汪兆铭、施肇基、蒋梦麟三董事，于本年度任满，照章改选。此次改选所整肃的目标是在国民党蒋介石政权中失势的汪兆铭，“全体一致票选胡适君继汪兆铭董事之任”、“名誉秘书任鸿隽任满，票选胡适董事继任”。同时会议全体一致票选施肇基、蒋梦麟二人董事连任。本次选举意味着暂时避退的胡适卷土重来，并进入中基会权力核心，这个时候的胡适开始为陶孟和的理想事业助一臂之力。正是得益于胡适的“主张”，此次会议正式通过陶孟和的社会调查部改为社会调查所，并得到了下半年四万元经费的预算。郁闷中的陶孟和终于实现了造反起家，另立山头的“宏愿”，正式成为一个独立的研究机构。据《社会调查所概况》载：“十八年七月改组以后，本所始有独立之组织。首由中基会聘陶君孟和为所长，而另设社会调查所委员会。所内规模亦略事扩充。”又“专门学术机关之规模于是乎粗具”。——这是陶孟和在胡适的鼎力相助下争取独立自主的一次小胜。

对于胡适在自己危难之处显示的真情与血性，陶孟和感恩戴德。作为投桃报李，对胡适遇到为难又非办不可之事，陶孟和同样采取了尽量予以支持的姿态加以呼应。

1931年底，胡适的爱徒吴晗给胡写了一封推荐函，文中说“生有一北大友人千家驹君，此次在文史号撰《东印度公司之解散与鸦片战争》一文，他是用新的观点来作尝试，虽不能说是成功，却似乎比时下一般自命为物观者之生吞活剥、削趾就履来得强一些。千君是一个比较肯用功看书的人，他从前曾写过一些文章，如在《平等》上发表之《抵制日货之史的考察及中国之工业化问题》、《中日外交关系之过去与现在》等文，都还有点新见。他是一个畸零人，自幼便见弃于旧官僚的父亲，凭着自己的努力，工读到现在，今年在北大经济系毕业了。他很想来见先生，不知可否？”

吴晗在信中啰嗦了那么多，其实就是想让声名显赫的胡适为同学千家驹谋个差事。胡见信后，除了顾及吴的脸面，也对千家驹的论文选题和不幸经历产生了兴趣与同情，遂相约来见。为人谦和又好热闹的胡适经过一番交谈，对千家驹大为赏识，认为此君乃堪造之材，便在不知不觉中把千氏当成了“我的朋友”。既然是朋友，就要为其两肋插刀，排忧解难，时为号称大学生“毕业即是失业”之时，找份工作谈何容易。兴致中的胡老师想来想去，找不到一把合适的椅子供这位年轻的新朋友来坐，最后一拍脑门，终于想到了陶孟和的社会调查所，顺手提笔修书一封，让千家驹揣在怀里上门求职。陶孟和见了胡适的手谕，当即表示可以在角落安一把椅子让千家驹来坐。但稍后从侧面一打听，得知千家驹乃北大著名的“捣乱分子”，担心其人是共产党，或与共党有瓜葛之徒，遂向胡适表示了自己的担忧。开朗的胡适几句话就打消了陶孟和的忧虑：“捣乱分子与研究工作并不矛盾，会捣乱不一定做不好研究工作，而且进研究机关，你怕他捣什么乱呢？至于共产党，我看不会吧！这样的人才你不用，还用什么人呢？”在胡适一番劝解、说和下，陶孟和勉强答应下来。千家驹进了社会调查所后，胡适感到一件心事有了着落，颇为欢喜，后来专门把千、吴二人作为例证，在天津《大公报》“星期论文”栏中发表文章，证明当时社会上所谓的“毕业即失业”之说，是根本不能成立的，“只要有本领，毕业决不会失业”云云。——当然，内中的曲折与人际关系的纠缠，几次号称“为政府做一点面子”的胡适是不会透露一个字的。关于千氏在北大的所作所为，并不糊涂的胡适是清楚的。1936年元旦，当千家驹与杨梨音结婚时，证婚人便是胡适。胡在致辞中说：“千家驹在北大时，担任学生会会长，是著名的捣蛋头儿，但在今天的婚礼上，却一点捣蛋气息都没有了，大概从今天起，千家驹已变成杨家驹了！”尽管是席间的玩笑话，但聪明如胡适者，已经隐约地暗中点出了千氏的政治身份。事实上，刚满17岁的千家驹于1926年考入北京大学后，就秘密加入了中共地下党，开始参与鼓动学潮、驱赶教授等等“捣蛋”生涯，北京大学发生的许多怪事，都与千氏和他的一帮地下兄弟之暗中操作有关。

进入社会调查所的千家驹，最大的感受就是陶孟和的宽容和信任。他后来回忆说：“陶先生是知道我的政治立场的，但他颇有蔡元培兼容并包的风范。他从不干涉我们的研究自由。他评判一个人的研究成绩，是看他的成果，而不是其它。”从回忆中可以看出，当时的陶孟和也不是傻蛋一个，他只是碍于胡适的情面，揣着明白装糊涂而已。不过，就陶孟和当时的思想观点，确实也是能容忍不同思想倾向的人在一起做事的，只要别闹出大的乱子，他也就睁一只眼闭一只眼地过去了。千家驹有所不知，当他到来之时，这个调查所的好日子即将走到尽头。

在陶孟和主持的社会调查所独立前，蔡元培主持的中央研究院于1928年在南京成立了一个社会科学研究所。此时的中研院如同当年的水泊梁山一样声势浩大，威震八方。社会科学所成立之初，蔡元培曾邀陶孟和赴南京，专门商谈筹组事宜，意欲让其出面主持工作。但陶氏觉得自己已经在北平组建了社会调查部，山头已立，并且有扩大的计划与“宏愿”，遂婉言谢绝。蔡元培见对方无意在自己手下为将，且有分庭抗礼之野心，转而邀请留学欧美的博士、北大史学系与法学系教授陈翰笙出任所长，无奈由于时任教育部长的王世杰以陈氏属共产分子加以阻挠，未果。到了1929年，为减轻阻力，蔡元培以院长身份亲自兼任科学研究所所长，正式邀请陈翰笙出任该所副所长，所内一切具体工作交陈翰笙主持。

如此，在中国一南一北，实际上存在着两个研究性质相同的阵营或山头。由于蔡元培尚有兼容并包的肚量，两家还算相安无事，陈翰笙实际主持的调查所特别关注“三农”问题，按他的想法，既然马克思发现了资本家剥削工人的秘密，那自己就要试着发现一下穷人、特别是农村那些穷人们的秘密。对这一构想，陶孟和也大感兴趣，1930年双方以平等的地位进行了友好合作，共同对河北保定清苑进行农村经济调查，选定10个自然村1578家农户，对其劳动力、雇佣农业劳动、工资、畜养、住房及农舍、水井和水浇地、耕地占有与使用、交租形式等等进行了详细调查研究。

1933年8月，陈翰笙出席在加拿大召开的太平洋国际会议，宣读了论文《现代中国的土地问题》。论文号称继马克思之后，陈翰笙本人发现了穷人的秘密，认为中国严重的“三农”问题是地主富农一手造成的，必须来一番打土豪、分田地等等暴力手段才得以最终解决。陈氏的言论传到国内，立即引起了社会各阶层震动，国民政府的党国大员对此大为不满，立即给予痛击。在一片喊打讨伐声中，陈翰笙只好采取鞋底抹油——溜之乎也的战略战术，辞去中央研究院本兼各职，带着手下几个铁杆弟兄悄悄溜下山坡，跑到鱼龙混杂的上海滩潜伏下来，准备待机而起。中央研究院社科所几乎成为一个有名无人的空机构，各项工作无法运转。

正在这时，对陶孟和自立山头成割据之势产生芥蒂，且耿耿于怀的中基会干事长任鸿隽跳将出来，表示陶孟和既已经独立，腰杆子越来越硬，喘气也越来越粗，看来没有必要再依附中基会这个老巢了。既如此，索性把这个调查所抛将出去，让其合并于中研院。此举既在形式上帮助了蔡元培，使其麾下势力不至于因陈翰笙的出逃而削弱，同时也达到了给陶孟和施以颜色，并驱逐出中基会这座大靠山的目的。主意打定，任鸿隽主动与中研院方面联系。其时，中研院总干事杨杏佛因与蔡元培、宋庆龄、鲁迅等人搞“中国民权保障同盟”，于1933年6月18日被国民党高层派出特务暗杀。声名显赫的地质学家丁文江受邀继任中研院总干事。丁氏听任鸿隽如此一说，当场表示乐意接收陶氏调查所的家业，收编全部人马为己所用。老于世故的丁文江让任鸿隽作为说客先与陶孟和接头，算作投石问路，待陶氏方面有此意向，再由丁文江亲自出马一举拿下。

想不到任鸿隽把自己的打算跟陶孟和说出时，陶氏勃然大怒，严厉痛斥对方乱用职权，假公济私，党同伐异，排弃异己等等不道德做法，并义正词严地指出：此举完全违背了中基会的宗旨与学术界的公理，是对北平调查所合法权益的公然挑衅和肆意践踏，也是对陶氏本人及手下职员人格尊严的污辱，遂当场予以拒绝。

眼看陶孟和敬酒不吃要吃罚酒，任鸿隽毫不退让，表示乐意奉陪到底。于是，任氏凭其手中的大权，指示中基会大量削减调查所的预算，截其粮道，断其财路，使之不战自溃，以达逼其就范的目的。面对这一凶招，陶孟和极其恼怒与愤慨，他在致胡适的信中说道：“叔永（南按：任鸿隽字）逼我们一步一步的太紧了，先限制我们的预算，继之以促进合并（即驱逐之变相），又继之取消我们对于现用的建筑所有权，并规定我们几时退出。现在竟公然的要求随时停止我们的补助费了。”

陶孟和此举，是想让胡适出面“拉兄弟一把”。但此一时彼一时，如今的情形已比不得当初拉杆子时的“独立运动”了。当年陶氏要另立山头，成就一方霸业，只是与任鸿隽一人或一个中基会的诸位大佬交锋，胡适尚可跃马挺枪为陶助战，或在阵外擂鼓为其呐喊助威。而现在中间又横插进一个坐地“招安”的老大——中央研究院，这中研院坐前两把交椅的又是自己的师辈人物蔡元培与平辈的“丁大哥”，胡适闻之虽甚着急，但感到左右为难，不便援手发力，处于观望之中。由于胡适的怯战与未能及时救援，陶孟和很快陷入前无救兵，后无粮草的绝境。在此境况下，尚以办事干练著称的中研院总干事丁文江一马当先冲出本部立入阵前，以胜利者的姿态挥枪弄刀，威风凛凛地劝其降服，并令其放下武器，老老实实地接受改编。陶孟和眼看大势已去，如不就此下马受降，等待着自己的将是丢盔卸甲，全军覆没的命运。瞻前顾后，为保住自己的实力，在山穷水尽中只好就范。同当年大宋朝的少华山的史进、朱武、陈达、杨春等一帮头领，率部归降实力雄厚的水泊梁山晁盖、宋江两大首领一样。万般无奈中，陶孟和只好放弃割据势力，以悲怆的心境硬着头皮将队伍自北平拉到南京，无条件地接受改编。此举在丁文江致胡适的信中，可以看到陶孟和当时的痛苦之情和艰难抉择：“当叔永提出合并的问题的时候，孟和就大怒，说×ב压迫驱逐’。经我再三疏通……彼方表示可以合作。”

对于此事，丁文江是打着避免浪费金钱和人才的旗号而作出的收编决定。关于这一做法的得失功过，李济后来曾有所提及：“他（丁文江）的理由详细说来是很动听的。他说，中国的科学人才不多，而金钱更少，我们现在花一个钱，就应该有一个花这一个钱的意义。现在中国的学术机关，往往以科学研究的名义买了很多仪器，却常常地没人用，等到上了锈，糟蹋了，也没人管，岂不是浪费？这毛病就是有责任的人不但对于金钱的价值没有真正的认识，对于人的价值也没有真正的认识。而这种损失，不特是金钱的、人才的浪费，更难估计的，为那追求的目标将愈离愈远。”

当时不只是李济一人，几乎整个中央研究院所属人员都颇赞成丁文江收编陶孟和这支流散队伍的做法。在他们眼里，陶氏在北方另立山头，无论从哪一个方面来看都不舒服，必须收入麾下才觉心安理得。丁文江在收拾陶孟和与社会所一役终于如愿以偿，斩获颇丰。在凯歌声中，丁文江于声威显赫中接着排兵布阵，欲一鼓作气将中基会所属的静生生物调查所拿下，收编合并到中央研究院自然历史博物馆，成立一个由中研院领导、秉志主持的动物研究所。此时，中基会所属的静生生物调查所，由北洋政府时期的教育总长、中基会第一届干事长、尚志学会会长、著名生物学家范静生草创。范不幸于1927年12月因病去世，为纪念范静生提倡生物学未竟之志，由其胞弟、化工实业家范旭东捐出范家在北京石驸马大街83号的房产作为调查所开办所址，由尚志学会拨付基金15万元，委托中基会组织静生生物调查所。1928年10月1日，静生生物调查所正式成立，由动物学家、教育家秉志任所长，植物学家胡先彇、动物学家寿振黄为主要成员，任鸿隽兼任该调查所委员会委员长，翁文灏任书记。调查所成立后一切经费皆由中基会承担，与中基会成为依附的母子关系。因生物调查所的科研人员老老实实地依附于中基会这座大靠山，没有像陶孟和一样拉杆子造反另立山头的野心，因而，当中央研究院方面的丁文江率部袭来时，遭到了中基会掌门人与生物调查所双方的共同抵抗，丁文江见对方无隙可乘，久攻不下，最后只得收兵回城不再出战，收编静生生物调查所的宏愿无果而终。