2005年和2006年上半年，美国中央情报局在索马里实施的秘密行动有多个目标，包括消灭藏匿在索马里的少量基地组织成员。中央情报局驻肯尼亚首都内罗毕的情报站负责实施秘密行动，主要负责向索马里世俗派军阀提供资金，目的是消灭或抓捕基地组织嫌疑分子。在实施秘密行动的过程中，中央情报局派驻内罗毕的情报官偶尔会前往摩加迪沙军阀控制的机场，携带大量现金输送给索马里军阀。

资助索马里军阀的计划，需要在当地部署相当数量的美方人员；1994年抓捕军阀穆罕默德·法拉赫·艾迪德（Mohammed Farah Aidid）的行动中，有18名美国特种部队士兵丧生，后美方人员从该国撤离。2002年11月起，美方代表与索马里家族成员建立了联系，通过该渠道获得索马里基地组织嫌疑人员的情报。结果，2003年4月基地组织嫌疑分子苏莱曼·阿卜杜拉·萨利姆·哈米德（Suleiman Abdalla Salim Hemed）被移交给美方。不过，这项计划没能获得更多成果，伊斯兰武装分子在2006年6月取得了该国政权。不过这个政权十分短命。当年12月，在美国军队的秘密支持下，埃塞俄比亚军队入侵索马里，该政权倒台。

2007年1月上旬，一架AC-130空中炮艇向索马里南部的基地组织成员发动袭击。此次袭击的目标中，有与本·拉登关系密切的爆破专家阿布·阿拉·苏丹尼（Abu Tallha al-Sudani），还有支持基地组织的摩加迪沙网络头目古莱德·哈桑·康拉德（Gouled Hassan Courad）的贴身助理。有观点认为苏丹尼负责为1998年对美国驻肯尼亚和坦桑尼亚使馆的实施炸弹攻击的袭击者提供资金。

到了2010年，除实施无人机袭击外，美国对索马里实施的秘密行动又增加了支持当地组织。据联合国索马里和厄立特里亚监督组2012年的报告称，美国方面还通过秘密行动项目支持索马里当地安全部队攻击伊斯兰青年党（Al-Shahab）。一项有中央情报局官员参与的项目支持索马里普特兰政府，派遣美国特种部队与普特兰政府士兵共同作战，但是该地区的半自治性质尚未获得美国官方承认。普特兰政府领导人的公共传媒顾问称，美国中央情报局向普特兰情报机构提供了非杀伤性的援助。美国方面还向索马里国家安全局提供援助，该机构负责运营的“阿尔法小组”，实质上是美国在政府控制地区实施情报行动的代理机构。

2011年6月下旬，联合特种行动指挥部针对数名索马里基地组织成员实施无人机空袭，是2009年以来实施的首次空袭行动。2012年1月，另一起无人机空袭击毙了协助基地组织作战的外籍指挥官比拉尔·巴扎维（Bilalal Barjawi）。2013年9月，伊斯兰青年党组织的创立者之一艾哈迈迪·戈达尼（Ahmed Godane）被无人机空袭击毙。2014年以及2015年2月、3月的无人机空袭击毙了该组织多名情报和对外行动负责人，以及一名帮助该组织策划2013年袭击尼日利亚购物中心的高级领导人。