奠边府战役的枪炮刚刚停息，救治双方重伤员事务极为紧迫。

奠边府决战开始之前，越军总军委估计己方伤员人数可能达到6000人，为此共组织了4个直属医疗队进入奠边府战场。战役进程中，又增加了一个医疗队，组成伤员转运总站。在整个战役过程中，共收治越军伤员10021人，其中在战役准备阶段收治1100人，进攻的第一阶段2300余人，第二阶段4500余人，第三阶段2000余人。根据伤情统计，炮伤和地雷炸伤占73%，枪伤占17%。

战役期间越军共有4000多名轻伤员出院，重返战场。但是，越军战场医院收治伤员的能力在战役进程中已经饱和，无力救治战役结束后突然出现的大量法军伤员。

奠边府战役中法军的总伤亡人数约为9000人。在5月7日奠边府战役结束的当日，法军重伤员由27名没有受伤的法军医护人员继续看护。

签署《日内瓦和平协议》后，法国结束在越南的殖民统治。1954年10月，越南人民军浩浩荡荡开进河内，市民夹道欢迎

日内瓦会议开始讨论印度支那问题之时，法国代表要求越军迅速释放重伤员。越方接受了这个要求，范文同于5月10日在日内瓦发表声明：“我政府准备允许运走在奠边府俘获的法国远征军重伤员。如果法国政府愿意运走这些重伤人员，双方司令部的代表将就此事就地采取切实可行的措施。”

5月13日，法军派出以菲亚教授为首的红十字代表团飞抵奠边府，与越军会商如何运走重伤俘虏，双方当即达成协议。因奠边府机场难以修复，法方将以直升机和小型运输机运送伤员，此期间，法方保证在奠边府盆地外围十公里及41号公路至山萝一线停止轰炸。法越双方议定，不以国籍区分伤员，总共将伤员中的858人确定为重伤员，这些重伤员即由法方派直升机从奠边府战场运走。

这个协议在政治和军事上均有利于越方，越军乘此机会抢运在奠边府缴获的大量物资，同时交送俘虏。法军很快意识到了这点，遂推翻协议，复于5月16日派出代表飞至奠边府提出新建议，要求修复机场，用大型运输机运送伤员，并要求取消法军飞机在41号公路沿线的禁飞令。

5月22日下午3时，三架法国轰炸机轰炸了41号公路，造成迁移中的法军战俘严重伤亡，引起国际舆论的责难。越军迅速作出反应，停止在交送伤员、释放俘虏方面的合作，弄得法军束手无策。

法军只得退让。5月25日，乘直升机来到奠边府的法国医生带来了科尼致越军总司令的一封信。信中称，法军飞机轰炸41号公路，“是一个值得引以为遗憾的过失。北越法国空军司令部已经命令对可能产生这一过失的实际情况进行调查。同时，已向有关部队再度下达严禁在距离奠边府十公里以内上空飞行的命令”。