东汉郡国名称大体恢复西汉旧制，不过也有一些变动与增减。开国初期，由于战乱以后人口锐减，所以并减较大，后来又逐渐增置，与西汉相比，值得重视的有以下各点：

西汉的13个刺史州仅是监察区，不是郡上的一级政区。后汉，特别是在黄巾起义阶段，朝廷不派刺史而派权位很高的人去坐镇某地，主管并处理州内的政务，称为州牧，而不称刺史，这样牧即成了郡上一级的行政长官，从而形成了州、郡、县的三级政区体系。

东汉朔方刺史部并入并州刺史部，可是又让首都所在的司隶校尉部与州平行，所以西汉、东汉都保持有13部的名称。

东汉建都于洛阳，以长安为西都，刘秀兴起于南阳郡宛县，以南阳作为南都，因而又有了三都的称号。

前后汉时王国、侯国变动较大，撤建有所不同，有的名称改变，有的境域调整，值得注意的东汉还有公国的设置，例如汝南郡有宋公国(在今安徽界首县东北)，东郡有卫公国(在今河南清丰县东南)，实际它们都和侯国辖境相似。

西汉时在边疆地区设有属国都尉，大体与郡同级。东汉安帝时在边境地区设立了犍为、广汉、蜀郡、张掖、居延及辽东六个属国，其下大都领有县或城，地位与郡相似，则和西汉不同。

西域与中原的联系在王莽时一度中断，东汉时经过班超、班勇父子的锐意经营，联系得以恢复。班勇还写了《西域传》一文。当时取道于今吐鲁番盆地的北线日趋重要，比西出阳关沙害较少，班勇曾任西域长史，有可能那时西域都护府已易名为西域长史府。