西晋、后赵时期，北方战乱迭起，百姓及沙门遇害者甚众。西域龟兹人佛图澄(公元231—348年)为“悯念苍生”，于晋怀帝永嘉四年(公元310年)来到洛阳。他以预知“行军吉凶”、烧香咒水生莲花等道术取得石勒信任，被尊为“大和尚”。石勒不但将自己诸幼子寄养于寺中，而且“有事必咨而后行”。石虎继位，对他倍加推崇，誉为“国之大宝”，且“衣以绫锦，乘以雕辇”。

石勒、石虎在历史上以暴君著称。对此，佛图澄常以佛教慈悲戒杀的教义予以劝谏，在一定程度上保护了后赵统治地区民众的生命安全。据《高僧传·佛图澄传》记载，石虎曾问“何为佛法”，答以“佛法不杀”。他又说：“帝王之事佛，当在体恭心顺，显畅三宝。不为暴虐，不害无辜。”据说，石勒在听了他的劝谏后，“凡应被诛余残，蒙其益者，十有八九”；而石虎“虽不能尽从，而为益不少”。在佛图澄的影响下，石勒正式允许汉人出家为僧。

佛图澄不仅精通佛教经典，而且深研儒家等著作。他本人持戒严谨，声名远播，为中原和西域各地佛教学者所敬重。弟子极多，著名的有道安、法雅、法汰等。

道安(公元312—385年)，俗姓卫，常山扶柳(今河北冀县)人。虽形貌黑丑，但记忆惊人。12岁出家，24岁师事佛图澄，研习小乘佛学和大乘般若学说。并经常代佛图澄讲说，解答疑难，有“漆道人，惊四邻”之誉。佛图澄去世后，他辗转流亡各地，所到之处，研习佛理，传授弟子。因他受传统文化影响较深，故在解释教义时，多采用“格义”手法。他最重要的命题，是玄学化的“执寂以御有，崇本以动末”。但后来已认识到“先旧格义，于理多违”，故表示要放弃格义。道安有极强的正统观念，时刻不忘夷夏之辨，故其行文时露悲壮之色，欲以佛教“佐化”社会。

前秦建元元年(公元365年)，道安率弟子南下，准备追踪晋室。途经新野，分散徒众，以使“教化广播”，并告诫弟子：“不依国主，则法事难立。”(《高僧传·道安传》)他受名士习凿齿之请，停留于襄阳。在襄阳前后16年，他以般若学为研究重点，曾为《道行般若经》、《放光般若经》、《光赞般若经》等作注解，创立般若学六家七宗中的“本无”说。同时，他收集、整理佛教经典，编撰成历史上第一部完整的佛经目录，名《综理众经目录》，世称《道安录》或《安录》。该录共收入译家17人，所译经律论245部457卷。他又制定僧众规范，确立寺院生活的各种法规、仪式。他还规定所有出家人一律姓“释”，表示对释迦牟尼佛的忠诚皈依。

东晋太元四年(公元379年)，符坚派兵攻克襄阳，道安被掳往长安，受命组织译经。在译经过程中，他总结经验，提出“五失本”和“三不易”的原则。“五失本”，是指在佛经翻译中，允许有五种失去或改变胡语(包括梵文、巴利文、西域各国文字)佛经原本的情况：语法要适应汉文结构；文字要作适当的修饰；颂文的重复句子要删略；连篇累牍的文句要删节；反复重述的内容要略去。“三不易”，是指三种不易翻译的情况：古代特有的习俗不易译得适合现时代；佛说的微言深义不易译得凡愚都能理解；译者境界不高，不易译得很好。后人对此十分赞赏，认为很有价值。

慧远(公元334—416年)是东晋佛教高僧。俗姓贾，雁门楼烦(今山西代县)人。出身于仕宦之家。据《高僧传·慧远传》等载，他13岁时随舅父游学洛阳、许昌，“博综六经，尤善《庄》、《老》”，接受儒学和玄学的熏陶。年21，辗转避难各地，听说道安在恒山立寺传教，便前往皈依，出家为僧。从道安听讲《般若经》而受到启悟，感叹道：“儒道九流，皆糠秕耳”。于是刻苦求学，24岁便开始登台讲经。为使听者理解佛教奥义，他也采用“格义”方法，“引《庄子》为连类，于是惑者晓然。”道安被符坚掳往长安后，慧远率弟子数十人南下。因见庐山清静秀丽，足以息心隐居，遂定居于此，不复他往。始住龙泉精舍，后住江州(治所在今南昌市)刺史桓伊为他建造的东林寺。 自此30余年，“影不出山，迹不入俗”。其时四方道俗靡然从风，纷纷皈依。

慧远在庐山时期，受到东晋统治集团上层的普遍支持。殷仲堪曾登庐山拜会他，共论《易经》；江州刺史桓玄也曾向他致敬，并谈及《孝经》；将领刘裕曾派使者入庐山，馈赠米粮。而名士等与慧远的交往则更为频繁。彭城刘遗民长期隐居庐山，与陶潜、周续之并称为“浔阳三隐”，他曾与慧远共研僧肇所著《般若无知论》，并提出问难；豫章雷次宗曾入庐山，师事慧远，慧远讲《丧服经》时，他与宗炳等执卷虚心受教；雁门周续之在庐山以慧远为师，曾与戴逵就善恶问题展开辩论；南阳宗炳在庐山与慧远研讨佛经，撰著《明佛论》，论中对慧远“神不灭论”和竺道生“阐提皆可成佛”论予以发挥。

有感于江南佛教经典不很完备，慧远不仅派遣弟子西行取经，而且积极组织佛经的翻译。他请僧伽提婆译出《阿毗昙心论》和《三法度论》，有力地推动了毗昙学在南方的展开。《阿毗昙心论》的主旨，是通过认识法相(事物的相状、性质)而引发智慧；《三法度论》则意在将《阿含经》的内容予以系统介绍。东晋义熙六年(公元410年)，佛陀跋陀罗及其弟子慧观等人南下，应慧远之请，在庐山译出《达摩多罗禅经》，从而使禅法逐渐流行于南方。又相传于东晋元兴元年(公元402年)，在慧远的倡导下，曾集刘遗民、周续之等僧俗123人，于阿弥陀佛像前“建斋立誓，共期西方”。但他的西方净土观念以及修持方法，并不等同于后来的净土宗，故后世有人推他为净土宗初祖是没有根据的。

慧远是东晋佛教界的领袖，他善于将中国的传统思想、伦理原则与佛教的基本教义加以调和；既不违背佛教基本教义，又与世俗王权的要求保持一致。东晋政治长期不稳定，帝王有意将僧众隶属于王权之下，故一再提出“沙门敬王”的要求。对此，慧远从理论上说明“沙门不敬王者”的理由，并进而证明佛法与名教的一致性。一方面，他坚持世间与出世间的区别，强调名教只能行于世间，不能约束出世间；另一方面，他又认为两者可以并行不悖，且“潜相影响”，即佛教有助于名教。他提出，忠孝、敬王的方式有两种，一是在家“顺化”，一是出家“体极”。说：“在家奉法，则是顺化之民”；出家则是“方外之宾”，“遁世以求其志，变俗以达其道。”因而，即使一人出家，也能“道洽六亲，泽流天下”。所以，出家学佛虽“内乖天属之重，而不违其孝；外阙奉主之恭，而不失其敬”。又认为，佛法与名教只是理论形式和实践方法的不同，它们的出发点和归宿则是一致的，即所谓“释迦之与尧孔，发致不殊”；“内外之道，可合而明”(《沙门不敬王者论》)。

慧远的佛教理论，主要是宣传“法性”本体论和“神不灭论”。

他在《法性论》中说：“至极以不变为性，得性以体极为宗”。意思是说，至极的涅槃以永恒不变为法性，所以要获得法性，应当以体证涅槃为最高目的。入世者不能“体极”(体证涅槃)，只有出世才能“体极”，入涅槃。在《沙门不敬王者论》中又说，世间充满了痛苦，人们不应留恋世俗生活；而摆脱痛苦的唯一方法，就是出世，与“法性”本体冥合，以达永恒不变的涅槃。

从法性本体的永恒不变出发，慧远推论人的精神也是永恒长存的。他说，人的精神随物所化，在人死后，转附于另一种形体之上。而学佛成道者，则由于精神与法性本体的冥合，精神已转化为佛的法身。凡、圣都有不灭的“神”，只是转附的对象不同罢了。圣者与法身相合，凡者则寄托于其他形体，故陷入轮回之苦。他利用东汉桓谭的“薪火之喻”，来解释“神”之不灭，建立神不灭论。他说：“火之传于薪，犹神之传于形；火之传异薪，犹神之传异形。”(《沙门不敬王者论》)他以这种神不灭论为哲学基础，继承印度佛教的业报轮回思想，结合中国固有的善恶报应等观念，系统地阐述了“因果报应”说。《三报论》认为，报应有现报(现世受报)、生报(来生受报)、后报(后世受报)三种，而报应的根源就在于身、口、意“三业”。他本人对此也深信不疑。