黄册外表的走样还不是最可怕的，可怕的是黄册内容的严重不实。

按理说，随着时间的推移，经济的发展，人口的上升，明朝总的田地量应该逐渐增长。然而在黄册中的记载，却恰好相反——实际负担田赋税粮的田地愈来愈少。洪武二十四年（公元1391年），黄册记载全国的土田总额为八百多万顷。到了弘治十五年（公元1502年），在黄册上登戴的全国土田总额只剩有四百二十九万二千三百一十顷零七十五亩，一百十一年间，全国土田居然减少了一半。（《后湖志》卷二）与此相同，明代的人口数，居然也是逐渐下降的。嘉靖八年（公元年）六月，霍韬在修《大明会典》前夕就提出了这个问题。他在给皇帝的奏章中写道：“洪武初年，户一千六十五万有奇，口六千五十四万有奇。时甫脱战争，户口凋残，其寡宜也。弘治四年，则承平久矣，户口繁矣。乃户仅九百一十一万，视初年减一百五十四万矣；口仅五千三百二十八万，视初年减七百一十六万矣。”（《世宗嘉靖实录》卷一〇二）也就是说，洪武二十六年（公元1393年）根据黄册户口数字的统计，人口已经达到六千零五十四万五千八百一十二人。但到弘治四年（公元年）造册时的户口数目，人口反减至五千三百二十八万一千一百五十八（万历《明会典》卷九，《户口总数》）。按理，洪武年间兵革初息，弘治时则承平百年，加上贵州等边远地区都已经开始纳入户口统计，不可能出现这种情况。这只能说明黄册制度已经失去效用。

朱元璋制定黄册制度的目的之一，是使富户多承担赋税，从而减轻贫困家庭的负担，所以他将普通百姓为分“三等九则”。关于上、中、下户等的划分，因各地情况不同而有所差别。富户除了正常税赋外，还要承担协助政府收税等任务，贫户的负担则十分轻减。

但是到了明代中期之后，实际情形完全颠倒过来。基层官员们通过造册，大量营私舞弊，他们不按照实际情况录入人口、田产信息，通过转嫁，造成了穷人多交税役，富人逃避税役的现实。有实力能钻营的富户，在黄册上都被列为了“下则”贫户，而一些贫户却被无端编在了“上则”和“中则”之中。史学家顾炎武就说：

夫审户者，原以分别贫富当差，为贫者便。而今曹邑数十年来，豪强户尽行花诡，尽逃上则；下户穷民置数十亩之地，从实开报，反蒙并户。县官耳目不及周至，贫者并，富者除，往往皆然……卑县（万历）三十三年到任之初，犹执前定户则以拘头役，其间家无寸土，糊口不足，叫号吁天者，比册中所戴中等户则也；其所称下下户者，皆富厚之家所支分节派而来也……（《天下郡国利病书》卷三九）朱元璋制定黄册制度，另一个重要目的是维持户口分类制度，防止人口自由流动。到明中期之后，这两个目标都完全落空了。

永乐二年，左都御史陈瑛说：“以天下通计人民不下一千万户，官军不下二百万家。”

然而到了正统五年，明朝控制力下降后，军户逃亡者居然达一百二十万人（《正统皇帝实录》）。卫所士兵远远不及规定，有的只有一半，有的不到十之二三（《大学衍义补》卷一一七，《严武备》）。

更为严重的是，普通民户也开始大量逃亡。

宣德时期（公元1426-1435年），江南太仓县的情况是：

忱（指周忱，时为江南巡抚）尝以太仓一城之户口考之，洪武年间见丁授田十六亩，二十四年（公元1393年）黄册原额六十七里，八千九百八十六户；今宣德七年（公元1432年）造册，止有一十里一千五百六十九户。实又止有见户七百三十八户，其余又皆逃绝虚报之数。（周忱《与行在户部诸公书》）隆庆时期（公元1567-1572年），福建省福宁州的情况是：

吾州之籍，自嘉靖以视洪武，户减三之二，口减五之三。自今以视嘉靖，不能加其什一。（《天下郡国利病书》卷九十二，《福宁州志》）万历时期（公元1573-1620年），江南应天府的情况是：

……（应天府）图籍，嘉靖末年户口尚及正德之半，而今才及五分之一……（同上书，卷十四，江南二，应天府）这几个例子可见明中晚期民户逃亡之普遍。这种情况下，里甲制度也维持不下去了。大多数地区“里甲寥落，户口萧条”（《陕西通志》卷八十六，《备陈灾变疏》），“里无完甲”（《皇明诏令》卷二十）。

嘉靖时期，江南某些地区，“有一里仅存四五甲者，有一甲止存一二口者”（《天下郡国利病书》卷三十三）。

明末陕西的情况，“有一里一百一十户内，止存十余户者，有一甲十一户内，止存十余丁者，有数甲全逃者”（《皇明经世文编》卷一〇五，议复陕西事宜疏）。

由于这种情况，人们开始称黄册为“伪册”：

国初田粮皆有定数；自洪武以来，凡几造黄册矣，然今之粮皆洪武初年之粮，而今之田则十二三耗，非拱武矣……又况猾民作奸，乃有飞洒、诡寄、虚悬诸弊，故无田之家而册乃有田，有田之家册乃无田，其轻重多寡，皆非的数；名为黄册，实为伪册也。（《天下郡国利病书》卷八十六）

这个时期的黄册，早已完全丧失了管理户口和合理征收赋役的作用。

每见十年大造，费民间无限金钱，不过置之高阁。（《皇朝经世文编》卷二十九）官府每当奉命造册的时候，照例是一再拖延，直到拖无可拖时便敷衍塞责，照抄旧册，一字不改，“天下大造黄册，率皆誊写旧本，无一实数”（《后湖志》卷十）。后湖黄册库人员把有些地区送解来的新册与上次旧册查对，竟发现在丁口、事产、开除、实在各个方面，新旧两册完全相同，也有一些在新黄册中仍然登记的人户，其实早在一百数十年前便已全户死绝，在历届黄册内也注明是绝户，但每年还是要照抄一遍，下注“绝户，事产俱无”。不敢把这些户从册籍上勾除掉，为的是怕被后湖黄册库查驳。

更滑稽的是，有些地区的黄册上所记的人丁不少是年达百岁以上的。

据计算，万历十一年（公元1582年），仅扬州府兴化县一县之内，即有百岁以上人口的户达三千七百余户之多，每户往往又有这样的老人一二人甚至多人，其中有人无产的又有二千九百余户（《后湖志》卷十）。这种怪事，显然是由于造册人员一味抄誊旧册，每次普遍递加十岁而造成的。清初顺治十三年（公元1656年），户部尚书孙廷经还向顺治帝报告过，明末有些黄册所开人户姓名及其事产，仍然是明初洪武年间的姓名和数目。

既然黄册已逐渐丧失价值，于是就出现了一套专供州县衙门实际应用，而又不往上报的册籍，当时叫实征文册，或叫实征黄册，也有叫做白册的。

《古今图书集成》就当时的情况说：

所谓黄册，只取应虚文，非其实矣。有司征税编摇，自为一册，曰白册。（《户口总编》卷十八）最后，明王朝不得不以一条鞭法在全国范围内取代了黄册制度。随着一条鞭法的实行，黄册制度本可以寿终正寝，但在“祖宗旧制”的威力之下，黄册每年依然按照旧例层层编造上送。黄册制度不再有任何积极意义，剩下的完全是弊端和祸害。它从编造、申解、保管、查驳到补造这一系列过程，也就退化成一个彻底的反复科敛舞弊的过程。