在路易十二的全面支持下，切萨雷实现了教皇父亲壮大教会军队的梦想。从身披猩红色圣袍的主教摇身一变成了佩剑骑士，前后形象真是对比鲜明。“教皇军队总司令”带来了军事统治力和“教会的旗手”的地位，政治权力也掌控在自己手中。切萨雷相继征服了伊莫拉（Imola）、法恩扎（Faenza）、弗利、佩萨罗与罗马涅。这让周边的费拉拉、曼托瓦、佛罗伦萨、博洛尼亚公国拼命地想打探出这位刚满25岁“寡言却极有行动力的男人”（马基雅维利）的意图。现在任何人都清楚，教皇已完全被儿子的绝对影响力左右了。

但是，切萨雷明白自己现在必须要做的事，那就是为了以防年迈的教皇父亲突然辞世，从现在起就必须推进种种准备。也就是说，一方面要与法国保持友好关系，另一方面也要依靠意大利的其他公国，比如威尼斯、佛罗伦萨、费拉拉以及曼托瓦。对威尼斯，他以前就已经频频传递了这个意图；而对佛罗伦萨，他也表现出依靠的样子，巧妙地隐藏了征服托斯卡纳地区的终极野心；至于曼托瓦，他打算通过让自己的女儿与曼托瓦侯爵的儿子结婚而达成同盟。

将卢克雷齐娅从纳佩城堡唤回罗马，则是为了对付最后剩下的一个公国费拉拉。这回的结婚对象是费拉拉的国王埃斯特家的继承者阿方索·德·埃斯特。

但是，对于被挑中的埃斯特家来说，简直就是“被狮子盯住的狐狸”的心境。当时与威尼斯比肩、堪称完美的费拉拉和曼托瓦的信息网全部被调动起来，因为费拉拉的埃尔科莱公爵怀疑在这个结婚提议的背后一定隐藏着什么。不仅他，就连曼托瓦的伊莎贝拉·德·埃斯特也在拼命地收集信息。一日之间，无数封信从罗马发出，为的是彻底调查有关切萨雷、教皇以及卢克雷齐娅周围的情况。

另一方面，费拉拉也做好各种逃避的必要措施，通过官方大使宣称阿方索公爵已经与法国的某个遗孀订婚。但这是白费心计。因为罗马方面传来回音——那样的话就换成与次子费兰特结婚，但是需要附赠摩德纳和雷焦领地。这对于费拉拉而言，就是将国家分割为两半的意思。而且费拉拉公国是教会的封土，如果教皇有意向，甚至可以征收整个国家。埃尔科莱公爵选择了长子的婚姻，况且他还收到了来自路易十二的要挟（路易十二受波吉亚之托），已经无路可逃了。

阿方索·德·埃斯特

《阿方索·德·埃斯特肖像》，提香画，帕拉提那美术馆（佛罗伦萨）© Scala, Firenze

其间，在梵蒂冈架起信息网的费拉拉与曼托瓦捕获了意外的消息。结婚的提议显然是出于切萨雷的政治意图，但是与前两次婚姻不同的是，教皇父亲对此颇感兴趣。为女儿的不幸而深感痛心的教皇认为，无论从门第还是从性格来看，阿方索·德·埃斯特都是最适合女儿的丈夫。而卢克雷齐娅也非常希望离开罗马。

得知这一消息的埃尔科莱公爵并没有坐以待毙。狐狸虽然是狐狸，但是他可是只老狐狸。为了抬高陪嫁金，他立刻特派一名熟悉二者经济状况的家臣作为大使前往罗马。从1500年年末开始谈论这个话题，一直到举行婚礼花了一年多的时间，其间的交涉几乎都集中于此。

然而，教皇想看见女儿的笑颜，便答应了埃尔科莱的所有要求。不仅如此，他还尽情地赞美埃尔科莱是“伟大的公爵”，赞美阿方索是“最俊美的青年”，伊莎贝拉是“罕见的知性与美德、美丽的融合”。可是，唯独切萨雷非常讨厌顽固的埃尔科莱公爵。“简直就像个商人。”他鄙夷地说道。接着，教皇为了清理干净即将出嫁的女儿过去的情史，甚至将从前的仆人佩德罗与卢克雷齐娅生下的孩子因凡特·罗曼诺（Infante Romano）改成切萨雷的孩子，还在别的咨文中登记为自己的孩子。

1501年年末，一切准备就绪。卢克雷齐娅的嫁妆以30万达克特成交。10万达克特现金、纳佩城堡及另一座城堡、罗马涅的小领地，就连宝石与服装也价值7.5万达克特。此外，教会还赠予费拉拉诸多优惠与保障。埃尔科莱牢牢抓住了这些证书和契约。以卢克雷齐娅前两次婚姻来看，每次都不过3万达克特陪嫁金；伊莎贝拉·德·埃斯特结婚时获得了2.5万达克特的陪嫁金，可见这一次是多么大的破例。

终于，费拉拉派遣埃斯特家的四子枢机主教伊波利托及次子费兰特到罗马迎接新娘。

1502年1月6日，罗马难得下了一场雪。那天早上，卢克雷齐娅在她住了20年的宫殿里吃了在罗马的最后一顿早餐。梳妆之后，她去了儿子罗德里戈的房间。孩子还在睡梦之中，她没有唤醒这个不得不留在罗马、留在教皇父亲身边的孩子，就出发前往梵蒂冈。

教皇早已在屋子里等候多时。卢克雷齐娅跪在父亲的面前，低头沉默不语。大家都出去了，屋内只留下他们两个。过了一会儿，切萨雷被唤了进去。

临行的时刻到了。埃斯特家的伊波利托及费兰特通知即将出发。卢克雷齐娅由切萨雷、伊波利托搀扶着双臂站起身来。她走出房间的时候，再一次回头看了看父亲。教皇用西班牙语说道：“放心去吧。有什么事，随时都可以来信。”然后，似乎为了让周围的人都能听懂，他用意大利语又重复了一遍。

雪开始下了起来。一行人在雪中出发了。卢克雷齐娅在一边哥哥，一边伊波利托的护送下，驾马前行。教皇踏着碎步从一个窗口移到下一个窗口，目送她的离去。父亲与女儿此后再也没有相会。

当一行人终于走完了一天，快要到达当夜的住宿地时，切萨雷突然与妹妹告别。卢克雷齐娅一直以为哥哥会送自己到住宿地，这出乎意料的离别让她说不出话来。切萨雷与伊波利托道别后，径直调转马头，头也不回地离去了。这时，卢克雷齐娅才第一次感到离开罗马的痛楚。