另一件令罗马教皇霍诺留三世极为不满的事，是腓特烈二世在他30岁那年——1224年，于那不勒斯建立了一所新的大学。

当时欧洲的最高学府，是博洛尼亚大学和巴黎大学。当时有不少人像英诺森三世那样，曾在这两所大学接受教育。

在那个天主教的影响遍及信徒生活方方面面的时代，巴黎大学和博洛尼亚大学的神学、法律等学科都是完全沿袭宗教精神的。而博洛尼亚大学几乎完全是在教廷支配之下的。

而腓特烈之所以创立一所新的大学，很大程度上是因为他希望有一个教授罗马法的学科。

腓特烈声称，建立那不勒斯大学的原因，是作为领主的他，不忍心看到自己领地上意大利南部和西西里岛的青年才俊们远赴意大利中部的博洛尼亚求学的辛苦。

表面的理由之下，皇帝的真实想法，是想从在那不勒斯大学培养学习罗马法的青年人才中选拔未来的帝国行政官僚。毕竟，在罗马法通行的时代，法律事务并未置于宗教权威之下。

在基督教成为罗马国教之前的时代，罗马帝国是全体基督徒的敌人。这一点，在中世纪的神职人员中间普遍认同。但学习罗马法这一行为本身，并非身为基督徒的学者不允许的行为。

就这样，一所延续至今的国立大学——那不勒斯大学，就以腓特烈二世的名字传承下来，在今天的意大利，以他的意大利语名而称为“费德里科二世大学”。