两个月后的1227年3月，霍诺留三世离开了人间。新教皇于第二天获选。57岁的格列高利九世，与前任相比，有着截然不同的火爆性格。教皇上任后首先面临的就是与年轻自己20多岁的腓特烈二世性格的冲突。格列高利意志坚决，要全力鞭策皇帝出兵东征。

甫一即位，教皇就写信给了腓特烈。

信一开始就是一段典型的措辞：作为世上羔羊牧者的教皇，祝愿羔羊的心中平安，而皇帝只有实现上帝的期望，平安才会真的降临。信中强调，如果腓特烈不发兵东征的话，教皇就将对其处以开除出教会的绝罚。

在一年前，腓特烈就已经派遣了250名兵士。之后他还约定，将4000名英国兵士、100名西西里的骑士和400名德意志士兵统一集结于布林迪西。这些出征兵士的军费，自然都要皇帝来负责。

腓特烈并未告知教皇，他已经开始组织建造适于溯尼罗河而上的浅底帆船组成的船队。

腓特烈在集结军队同时进行秘密和谈的工作，令人想到了同时代的圣人阿西西的方济各。圣人以和平为目的进行交涉时，是手无寸铁的。而以军事力量为依靠的和谈，无疑是更为有效的。

蒙在鼓里的格列高利九世，已经决意以绝罚为武器来鞭策皇帝。腓特烈只好决定率军出发了。由于皇帝和苏丹还在为正式协议进行紧密的磋商，东征的宣言自然也就成了一次走过场的仪式。

1227年8月21日，十字军从布林迪西出发了。这支十字军当中，并没有前往耶路撒冷的朝圣者一同前往——因为在出发之前，瘟疫突然爆发了。

从9月8日开始，腓特烈的舰队中相继有人倒下。舰队只好转头返回母港。回港以后，染病者的数目不断增加，腓特烈的大将中有一位因染病而死，而皇帝自己的身体也每况愈下。

无奈的腓特烈只得让条顿骑士团团长赫尔曼率领800名骑兵，乘坐20艘桨帆船，先行前往东方。皇帝自己则给教皇写信说明延期出行的原因，乘船前往那不勒斯附近的伯乔利港，在这一温泉疗养地休整。