1798年6月，马耳他岛的圣约翰骑士团被远征埃及的拿破仑在途中赶出马耳他岛。虽然拿破仑指挥法兰西舰队进攻骑士团近乎是因为心血来潮，但骑士团却在没有交战的情况下选择了投降。

6月12日，拿破仑本人进入了首府瓦莱塔。对这座环境严酷险峻、建筑壮丽雄伟的堡垒城市，拿破仑不免大为惊叹。他日后这样写道：

“马耳他岛可能连24小时的炮击都无法经受。虽然城墙将无可置疑地坚守下来，但防守的骑士们缺乏应有的精神力量。”

失去骑士团的马耳他岛于1814年由于拿破仑下台而变为英国领土。后来，马耳他借第二次世界大战之机宣布独立。尽管如此，独立国家马耳他的国徽依然是圣约翰骑士团的八角变形十字，首都的名称依旧是瓦莱塔，骑士团建设的要塞后来也作为海军基地得到充分利用。

被拿破仑逐出的圣约翰骑士团不得不经历从十字军时代算起的第三次“难民”时代。他们离开马耳他岛后在莫斯科停留了一段时间，因为俄国沙皇在他们失去马耳他岛之前，就时常主动承担骑士团保护者的角色。但是，骑士团的总部却留在了西西里岛的卡塔尼亚，1826年又迁往意大利北部的费拉拉，接着又于数年后移至罗马。这是因为骑士团的一员将自己的财产——位于罗马市中心的一座建筑——赠给了骑士团。在被认为是现代罗马最时尚的街区，名牌店铺鳞次栉比的孔多蒂街，圣约翰骑士团现在的总部从那时起保留至今。它与梵蒂冈一样，是意大利之中的独立国，国内汽车也使用自己的牌照，还发行邮票，从总部内的邮局可以向一些国家寄信。

现在的骑士团大团长是第七十七代，属下有8 000名骑士。他们大多数都已结婚，因为骑士团已与以前不同，不会强迫任何人遵守清贫、服从、贞洁的原则。

但是，必须特别提到的是，圣约翰骑士团并不是一个老古董，而是个一直在持续活动的有活力的组织。以伊斯兰教徒为对手的骑士已经消失。但是，骑士团的另一个任务医疗活动却保留下来。如今，只要稍加注意，就可以在世界各地看到挂着红底变形十字标志的医院、研究所和救护车。他们是至今依然组成各个不同语言的团队，活跃在各地的21世纪的骑士。

但是，这些现代的骑士已经不被要求具有“蓝色血液”，即不被要求是贵族。“蓝色血液”可能在对付异教徒的战士消失的同时，自然地失去了意义。圣约翰骑士团的使命经过900年，又回到了阿马尔菲商人在耶路撒冷创建时立下的使命。