同盟成立后，可能是因为舰队规模小，首先顺利开始行动的是科隆纳指挥的教廷舰队。

6月15日，马卡提尼奥·科隆纳接受了人们盛大的送别后离开了罗马，到达罗马教廷的主要港口——奇维塔韦基亚。乘在旗舰上的人们也跟着到达了。一行中，除了教皇的侄子、科隆纳家的多位贵族，还有科隆纳的仇敌奥尔西尼家的男人们。这样的阵势犹如罗马贵族全体出场。另外还有25名瑞士枪手和180名步兵，他们是教皇从罗马的守备队中拨出的士兵。

在奇维塔韦基亚港口，托斯卡纳大公提供的12艘加莱舰全部入港。在这些船上，乘着很多穿着当时盛行的宗教骑士团、圣斯蒂法诺骑士团制服的佛罗伦萨贵族。

没有非凡的才能，但十分忠诚的科隆纳向意大利诸国发布命令：舰只一旦准备完毕即向墨西拿集结。6月21日，他率领12艘舰船离开奇维塔韦基亚，驶向下一个港口——那不勒斯。

6月24日，科隆纳率领的舰队进入那不勒斯港。原定的计划是在那不勒斯与来自西班牙的唐·胡安及西班牙舰队主力会和，一同前往墨西拿。为此，科隆纳将本应由教皇亲自授予唐·胡安的、接受过祈祷的同盟旗带来那不勒斯。没有这个仪式，唐·胡安就无法作为神圣同盟总司令官名正言顺地开展工作。

然而，王弟胡安却一直没有到达。统治着那不勒斯到西西里的南意的西班牙，把代行国王权限的总督置于那不勒斯。科隆纳询问那个总督，得到的回答是：没有唐·胡安的任何消息。

感到十分困惑的科隆纳，决定将同盟旗寄放在总督处，自己先前往墨西拿。忠诚的科隆纳将庇护五世实现联合舰队的热情当作自己的追求。他认为造成教廷舰队到达墨西拿的既成事实比较有利，这是他在那不勒斯等待3个星期之后得出的结论。

7月15日从那不勒斯出发的教廷舰队沿着第勒尼安海一路南下，于7月30日傍晚驶入墨西拿港口。

位于西西里岛的东端，被狭窄且水流速度很快的海峡隔开的，就是与意大利半岛隔海相望的墨西拿港，早在一周前，威尼尔指挥的威尼斯舰队就已经到达。

但威尼斯舰队的率先到达并非理所当然，而是做出痛苦选择后伴随着牺牲的结果。

土耳其舰队在主力出发前就命令乌尔齐·阿里出东地中海，频繁进行骚扰作战。

意大利出身的原基督教徒——海盗乌尔齐·阿里率领12艘快速加莱舰，集中袭击救援塞浦路斯的威尼斯船只。海盗经历使得他对地中海就像对自己的手掌那样熟悉。由于船小，行动敏捷，刚才还在塞浦路斯近海的加莱舰，转眼就在罗得岛附近的海上现身。在克里特岛南岸进行破坏后，乌尔齐·阿里舰队又在马耳他岛附近海域出没，而且居然在威尼斯舰队停泊的科孚岛海域，取得了击沉3艘驶向塞浦路斯的大帆船的战果。这个男人纵横驰骋，使得从威尼斯往塞浦路斯的航路在克里特以东的海域功能失常。

为此，威尼斯在科孚岛和克里特岛派驻了舰队，这使得乌尔齐·阿里再怎么狡猾多端，也无法潜入亚得里亚海。

但这种状况，在科孚岛和克里特岛的威尼斯舰队驶向墨西拿后，就没法维持了，因为推迟去墨西拿，就是推迟联合舰队的出征日期。威尼斯海军总司令官塞巴斯提亚诺·威尼尔被迫做出了痛苦的选择。

结果，威尼尔决定只率领在科孚岛的舰队前往墨西拿，给在克里特岛的舰队下达了接到命令立刻向墨西拿结集的指令。为实现联合舰队的出征，威尼尔将克里特岛附近的爱琴海以及从那里到科孚岛的伊奥尼亚海暴露在无防备的状态下。以其现在的兵力，显然无力既在科孚岛和克里特岛配置舰队，同时派舰队增援墨西拿。

威尼尔带到墨西拿的是58艘加莱舰和6艘加莱塞炮舰。马可·奎利尼则将从克里特岛出发，率领60艘舰船驶抵墨西拿。

威尼尔自然不能再用笑容来迎接一个星期后才到达的科隆纳。在听到科隆纳在那不勒斯等待唐·胡安，却连消息也没有得到的解释时，威尼斯海军将领的怒火爆发了。

36岁的马卡提尼奥·科隆纳偏矮、偏瘦。虽然还年轻，但他的头发已开始稀疏了，眼睛显得很大，给人一种虚弱儿童长大成人的印象，因而外形与武将不太相符，更容易让人联想到在宫廷里的办事的人。

在这样的男人的面前，站着个头比普通人高，身板也比普通人阔，白发直立的威尼尔。即使威尼尔不发怒出声，看上去也像大鹫在威吓鸽子。

不过，马卡提尼奥·科隆纳是深受教皇庇护五世信任的亲信，而且出身于罗马最高贵的科隆纳家族，与西班牙王室有着良好的关系。对于威尼斯来说，这样的人不应是威吓的对象。在场的巴尔巴里戈，随即通过改换话题缓和了现场气氛。

阿戈斯蒂诺·巴尔巴里戈向科隆纳询问了指挥西班牙舰队的多里亚的消息，忠厚的科隆纳这才松了一口气，回答了这个问题。然后，两人转而议论起提供少量舰船的几个小国，议论了多里亚何时可到墨西拿的话题。但这个问题，科隆纳也不知道确切的答案。最后，威尼尔、科隆纳、巴尔巴里戈三人虽未说出口，但心里都认为：所有事都要等唐·胡安抵达后才能见分晓。

成为所有人关注焦点的奥地利公爵唐·胡安已于6月6日从马德里启程前往巴塞罗那。圣克罗齐侯爵在巴塞罗那港等候他。随侯爵来的加莱舰也准备完毕，处于随时可以出港的状态。

但出港的日期每次以数天为间隔，不断地向后拖延，因为腓力二世命令舰队将结束了对西班牙哈布斯堡家族的访问，将要回国的两位德国哈布斯堡家族的公子送到热那亚，但这两位公子的出发准备还没有做好。

唐·胡安在夏日的巴塞罗那继续等待着。7月20日，两位公子到达港口，终于能出发了。从唐·胡安到达巴塞罗那算起，已过去43天。

一行人抵达热那亚已是7月26日，但还是不能马上离开热那亚港，因为有欢送德国的两位公子的宴会，唐·胡安不能缺席这些宴会，所以3天时间又泡汤了。当然，在这里——热那亚，还有让6000名德国兵、2000名意大利兵、1500名西班牙兵上船的工作。

当时的舰队，并非全船的武装都完成才起航。在加莱舰上，一般只有指挥官一队人与划桨手上船出港，在途中的停靠港再让战士上船。这些被雇用的普通战斗人员要在各个停靠港集合，等待要乘的舰船到达。因此，舰队需要经常停靠港口。

但这通常指的是将囚犯用作划桨手的西班牙船，传统的威尼斯船划桨手也是受雇的自由民。一般惯例是离开本国港口时只有指挥官和船员上船，在停靠亚得里亚海的港口时，划桨手和战斗人员上船，到科孚岛时，全船的武装大体上完成。

唐·胡安从西班牙调来的舰队需要在热那亚进行武装。舰队从热那亚向那不勒斯进发已经是8月5日。

到达那不勒斯港是8月9日。接受教皇授予的基督大军旗和元帅杖的仪式等程序花费了10天。唐·胡安率领的舰队出现在墨西拿的海面时，已经是8月23日的傍晚。