宋理宗在他的晚年任用贾似道为相。此人是他的宠妃贾妃的弟弟，原本是个市井无赖，专好斗鸡走狗，出没花街柳巷。但凭着他姐姐的关系，得以步步升官。不过贾似道虽然没什么学问，倒颇有“术”，所以他一旦入相，便以“整顿朝纲”为名，把理宗身边的佞幸如董宋臣之流清除干净，还严禁外戚子弟不得作郡守、监司，一时间这些人都不敢再干政。贾似道权倾朝野，便可以任意地拉帮结派，扶植党羽了。这时，由于南宋经济衰退，影响到了理宗的奢华生活。于是贾似道就开始多方括敛财富。推行什么经界法、买公田，强夺老百姓的田地；又滥发纸币，造成通货膨胀。用这种敲骨吸髓式的做法搜来不少钱财，让理宗觉得他能干。不过，真正建立他“丰功伟绩”的，却是和蒙古的战争。

由于“靖康耻”，南宋和金一直都是世仇。南宋虽然对金纳贡称臣，但心中却一直不服气，所以会有“开禧北伐”，虽然以失败告终，但南宋消灭金朝的念头却不曾消灭。这时，金朝的国势也日趋衰败，北方的蒙古族势力强大了起来，想要和南宋联合，共同灭金。此事在南宋朝廷引起了纷纷议论，有人拿出北宋末年联金灭辽，却反被金所灭的事实，反对与金开战，可对于大多数人来说，这个能消灭掉世仇金国的条件实在是太诱人了。于是，在绍定五年（1232年），蒙古正式遣使与南宋商议联合灭金。端平元年（1234年）正月，蒙古和南宋的联军攻入蔡州城，金哀宗自缢而死，金国灭亡。

灭掉了世仇金国，宋理宗志得意满，又在当年五月下令出兵河南，想要收复北宋故地。七月五日，宋军进驻开封，又继续向洛阳进军。但到达洛阳，却遭到蒙军伏击，损失惨重，狼狈撤回。留守东京和其他地区的宋军也全线败退，史称“端平入洛”。端平入洛的惨败，不仅使南宋丧失数万精兵，大量物资，也使蒙古从此找到了出兵南宋的借口。宝祐六年（1258年），蒙古三路大军南下，正式出兵南宋。

这时理宗赶忙派贾似道领兵御敌，还在军中拜他为右丞相。贾似道胆小如鼠，哪敢打仗，便遣使向蒙古主帅忽必烈求和。忽必烈本来不愿，但得知大汗蒙哥已死，急于回去争夺汗位，便做了个顺水人情，答应请和退兵。贾似道乘北军撤退之机，让人追打几个殿后的士兵，便大言不惭地谎报“诸路大捷”，好像是天下从此就永远太平了。为了沽名钓誉，标榜所谓的丰功伟绩，还指使门客撰写文章，名曰《福华编》，为自己根本不存在的“援鄂之功”歌功颂德，肉麻至极。理宗皇帝对这位小舅子的谎话也信以为真，把他视为再造王室的大救星，进为“少师”、“卫国公”，还亲切地称他为“股肱之臣”。

宋理宗又过了几年“太平”日子，在景定五年（1264年）十月病死。他生前也没有儿子，就立自己弟弟的孩子赵禥为帝，就是宋度宗。贾似道既是“股肱之臣”，又有“拥立之功”，足以让新皇帝对他恭恭敬敬，甚至称他为“周公”。不过靠骗人编出来的功劳早晚要被戳破，等到元军再一次南下，他也就无可奈何了，只好硬着头皮前去督师。这时宋度宗也死了，他的儿子即位，是为宋恭帝。贾似道祸国殃民的行为早已是人神共愤，战败逃回之后，就被朝廷贬到循州，被押送官郑虎臣杀死。之后不到一年，元军就攻入了临安城，南宋灭亡。

南宋虽然没有直接亡在理宗手里，可他在位四十年，任用奸佞，胡作非为，却使本来就不美妙的国势变得更加糟糕。虽说他因为推崇理学，在宋史里还得到了一个好评价，但南宋亡国，他实际上是难辞其咎的。或许是报应吧，理宗虽然能够“寿终正寝”，但他死后，却坟墓被掘，尸体被毁，甚至连他的头骨都流落了近一百年，才得归葬。

南宋共有六个皇帝，他们和后妃的陵墓都在绍兴东南。元世祖至元二十二年（1285年），蕃僧杨琏真珈担任“江南释教总摄”，他是“国师”八思巴的弟子，仗着忽必烈的宠幸，骄横跋扈，贪桩枉法，既然总管江南地区的佛教事务，为了支付佛教寺庙的建造和修复费用，便伙同演福寺僧允泽等人，勾结宰相桑哥，对南宋六陵进行了一次史无前例的大盗掘。不但是皇陵，就连后妃大臣的墓也不放过，一共洗劫了101处，掠去随葬的大量金银珠宝。其中，理宗由于在位40年，死后随葬财宝特别多，据称打开墓葬的时候，有白气冲天而出，乃是宝气凝聚而成。而且他的尸体保存完好，栩栩如生，有人说这是因为理宗口中含了夜明珠，便撬开了他的嘴巴把夜明珠拿走。理宗的棺木中珠宝很多，珠光宝气缭绕其身，棺底铺垫织棉，尸体还用金丝网罩包盖着。这伙盗墓贼将棺中宝物尽数取走后，又将理宗的尸体搬出墓穴，倒悬在树上，还用脚猛踢理宗的头颅，以示无所畏惧。防腐的水银慢慢地从理宗口中滴了三天三夜。在毁陵盗物之后，这伙盗墓贼还把那些帝后骨骸扔到草莽之间，任凭日晒雨淋。

这时，绍兴有一个义士唐珏，听说了这件事情，十分悲愤，就变卖了家产，招募众人，等到夜深人静的时候，潜人陵地，用散在四周的猪羊骨殖换取帝后遗骸，分别装在黄绢做成的口袋里，写上帝陵的名号，装入木柜，私下迁葬于兰渚山天章寺前（今绍兴兰亭附近），还在上面种上冬青树作为标记。每逢寒食节，便偷偷地前去祭祀。因为理宗的头骨特别大，调换之后怕让杨琏真珈发现，就没敢换。而根据密宗的说法，得到帝王的髑髅可以厌胜，致巨富，杨琏真珈就命人将理宗颅骨镶银涂漆，制成酒器，饮酒作乐。又把布散于坟地的骨殖收集到临安故宫里，在上面建造了一座白塔来镇压，取压胜江南人民之意。

一般来说，历朝历代对于前代帝王的陵墓，都是加以保护的，即使有掘坟盗墓的，也多是个人行为，与政府无干。可杨琏真珈等人的盗墓行动却得到了元朝政府的鼎力支持，当时曾有元朝官员和赵宋宗室请求元世祖保护宋陵，但他却置之不理。而盗墓所得的宝物，很多也都献给了元朝政府。而且，杨琏真珈提出“压胜”之说，建造佛塔将宋帝遗骸置于其下，以压服宋人，也迎合了元世祖趁此断绝百姓对赵宋的留恋与怀念的想法，故而对杨琏真珈的盗墓举动采取了支持态度。

后来，杨琏真珈因为别的事情被抄家，理宗的头骨也被籍没于宣政院，用来赐给元朝的那些“帝师”。于是，理宗的头骨就在西藏僧人之间流传，翰林学士危素，还曾经在酒席上见过。后来，危素又做了明朝的官，对明太祖说了这件事情。太祖叹息良久，让北平守将从西藏僧人那里把理宗的头骨找了回来，于洪武二年（1369年）以帝王礼葬于应天府（江苏南京），第二年又命人将理宗的头骨归葬到绍兴永穆陵旧址。八十五年之后，理宗的头骨才算回到了原来的地方，入土为安了。