在成吉思汗册封的三个汗国中，察合台汗国最为“多愁多病”，从一开始就充满了纷争和动荡。

与普通老人一样，成吉思汗也十分疼爱自己的孙子。他的儿子虽然不多，但每个生育能力都很强，孙子多得记不过来，而最受钟爱的，便是察合台的次子莫阿秃干。

察合台受封，建立察合台汗国后，将莫阿秃干指定为自己的继承人。莫阿秃干精明强干，又被祖父和父亲双重宠爱，原本是前途一片光明。

岂料天有不测风云，在成吉思汗西征花剌子模的时候，年轻的莫阿秃干立功心切，战死在范延城下。

失去爱孙的成吉思汗盛怒之下亲自领兵上阵，攻陷范延城后下令“不赦一人，不取一物，概夷灭之”。浩劫过后的范延城得名“卵危八里”意为“被诅咒之城”，数十年内此地毫无生气，成为不毛之地。

但再激烈的复仇也不能让死者复生，莫阿秃干的死，使察合台汗国的继承人问题留下了隐患。

1241年，察合台病故，将汗位传给了莫阿秃干之子合剌旭烈。察合台的做法作为父亲、祖父并没有错，所谓爱屋及乌，这是老人对死去爱子怀有愧疚的补偿。

但作为一个汗国的可汗，他这么做就是不顾大局，这种温馨的亲情在政治舞台上终究不为人所容的。

合剌旭烈刚当了五年可汗，在1246年继位的蒙古帝国第三任大汗贵由便借口不当舍子传孙，将他废黜，改立与自己友善的察合台第五子也速蒙哥为察合台汗国之汗。

贵由汗去世后，也速蒙哥与窝阔台系诸王一起反对选立蒙哥为大汗。这是典型的政治押宝，押中自然会钵满盆溢，可一旦押错就会血本无归。

结果，也速蒙哥满盘皆输，蒙哥还是成为了新任大汗。刚一即位，便命拥护自己的合剌旭烈回国复位。合剌旭烈在途中病逝，其妻兀鲁忽乃回到阿力麻里，出示大汗诏书，杀也速蒙哥，自任监国。

蒙哥汗去世后，两个弟弟忽必烈和阿里不哥为了争夺大汗宝座兵戎相见。而察合台汗国也出现了两个阵营，兀鲁忽乃监国支持阿里不哥，而察合台的另一个孙子阿鲁忽却倾向于忽必烈，最后阿忽鲁获胜，娶兀鲁忽乃为妻，成为了察合台汗国之汗。

1265年阿鲁忽病故，他的儿子木八剌沙不经忽必烈承认便继承汗位。为了维护在中亚的统治，忽必烈遣莫阿秃干之孙八剌持诏回国继承汗位。

岂料，八剌成功后很快便背叛了忽必烈，发兵从元朝手中夺取斡端（和田）、可失哈耳（喀什）地区。从此，察合台汗国从蒙古帝国中彻底分裂了出去。

为了获得更大利益，八剌汗进兵伊儿汗国，结果遭到惨败。实力大损不说，自己也中风，失去了统治能力。窝阔台汗国可汗海都趁机介入，将察合台汗国变成自己的属国。

八剌死后，其子笃哇在海都的支持下即位。海都认为忽必烈是蒙古人的叛徒，号召察合台系、术赤系蒙古诸王一致对抗忽必烈和伊尔汗国，誓约保持游牧生活与蒙古习俗。

受了别人的恩惠，自然要有所表示。笃哇的察合台汗国也随即被海都所控制，加入到海都与忽必烈的战争当中。

窝阔台、察合台两汗国在与元帝国的交战中虽然也曾一度取胜，但综合实力毕竟相差太远，最终在1301年遭到了决定性失败。混战中，笃哇膝上中箭受了重伤，海都更是负伤而死，军马辎重损失无算。

与发誓保护蒙古传统的海都相比，笃哇要识时务得多，不想为了虚无缥缈的传统再浪费国力。现在见海都已死，便在支持海都子察八儿继承窝阔台汗国汗位后，胁迫其一起向元成宗铁木尔求和，停止了对元朝的敌对行动，从名义上尊其为宗主。

当年，海都扶助笃哇继承汗位，但并没有将这兄弟国家吞并，如今角色转换，笃哇却不想讲什么情谊了。

靠着扶立察八儿的有利政治地位，笃哇陆续控制了阿姆河以北地区至哥疾宁之地，对窝阔台系诸王，或收其兵权，或迫使他们听命于己，以各种手段夺取了原先在海都控制下的大片土地和大批军队，窝阔台汗国被逐渐削弱。

1306年7月，元朝出兵进攻一直不愿臣服的察八儿，领军元帅是日后的元武宗海山。因为察八儿部下叛变，其后妃、营帐和数十万部众均为元军所俘获，察八儿无奈，只得向笃哇请降。

送上门来的大餐自然没有理由拒绝。笃哇收留了察八儿，妥善安置。一年后，觉得时机成熟，在阿力麻里附近的忽牙思草原召集忽里台大会，当着与会蒙古诸王之面列数察八儿之“罪状”，宣布废黜他，另立海都之子仰吉察儿为窝阔台汗国之汗。这种废立程序实在太过司空见惯，不过是为了彻底吞并做个铺垫而已。

察八儿逃到元朝寻求保护，伺机复国，但始终未能成功。3年后，窝阔台汗国彻底并入察合台汗国。

笃哇汗吞并窝阔台汗国，也顺便将一直由元帝国直接管辖的天山南部和河中地区纳入自己版图，察合台汗国领土得到空前扩大。

作为可汗他相当成功，作为父亲，他也为儿孙们留下了诺大遗产。但他可能根本没有想到，这些新归并的富庶农业区域，会使得自己的儿孙在日后陷入无休止的内讧。