清太医院初设在北京正阳门内东江米巷，今东交民巷西口路北附近。太医院大门悬挂“太医院”匾。大门前左为“土地祠”，右为“听差处”。太医院有大堂五间，悬挂康熙帝御赐名医黄运的诗文：“神圣岂能再，调方最近情。存诚慎药性，仁术尽平生。”医生讲求“诚慎仁术”四字。大堂左侧南厅，是御医办公厅堂，右侧为北厅。后为先医庙，供奉伏羲、神农、黄帝的塑像，有康熙帝御书“永济群生”匾。先医庙里有铜人像，庙外有药王庙，庙连接大堂的是二堂、三堂。

光绪二十七年（1901年）《辛丑条约》后，东交民巷划为外国驻华使领馆区。翌年，太医院迁到新建衙署，在今地安门东大街113号院，大堂东西3间，进深3间，现基本保存。东院为药房。今前院有28户居民，后院为五中分校使用。太医院在宫内上驷院北，设有待诊、休息的处所（旧称“他坦”“他坦”，又作“塌潭”，为满语音译，汉意是“住屋、住所”。），岁月流失，现已无存。

明清的太医院，兼具卫生部、总医院、医学院和保健局四种功能。《明史·职官志·太医院》记载：院使（院长）一人，正五品；院判（副院长）二人，正六品；其属，御医四人（后增到十八人），正八品。生药库、惠民药局，各大使（主任）一人，副使（副主任）一人。清朝略同，但有变化：其一，设管院事王大臣一人（满人）。其二，分为院使和院判、御医、吏目、医士、医生五个等级。其三，院使后为正四品，院判后为正五品，都是汉一人。其四，所属御医十三人，后为正六品，吏目三十人，后为七品八品，医士二十人，给从九品冠带，医生三十人。清康熙朝，太医院的御医，每日轮流值班一百一十一人，总数达到一百二十五人。（《清史稿·职官志·太医院》卷一百十五）

太医分科明依照传统，分为十三科：大方脉、小方脉、妇人、疮疡、针灸、眼、口齿、接骨、伤寒、咽喉、金镞、按摩、祝由。大方脉科，诊治成人杂病；小方脉科，即小儿科；祝由科，治病不以医药，而以符咒。分见《南村辍耕录》和《中文大辞典》。清朝则合为九科：大方脉、小方脉（含痘疹）、伤寒科、妇人科、疮疡科、针灸科、眼科、咽喉科（含口齿）和正骨科（含按摩），取消祝由科。其实，还有“食医”。《周礼·天官·冢宰》将食医与疾医、疡医等并列。汉郑玄注：“食有和齐药之类。”可见古人对“食医”的重视。康熙间西药进入宫廷，后引进西医、西药。康熙三十二年（1693年）五月，康熙帝因患疟疾，服用法国传教士洪若翰等进的金鸡纳霜（奎宁）而病愈。光绪二十四年（1898年）九月初四日，法国驻华公使馆多德福医生曾为光绪帝诊病开药。但是，太医院始终是以中医中药为主。

御医职掌主要八项：侍直、进御、扈从、奉差、储药、祭先医、诊视狱囚、施药等。其侍直，各以专科，分班轮值，在宫中称宫直，在外廷称六直。宫直在御药房及各宫外班房值班，六直在外直房（如畅春园、圆明园）值班。扈从，皇帝出巡，御医或奉旨点用，或按班轮直，都给夫马、车辆装载药材，还给账房需用等物。此外，王府、公主府、文武大臣等，太医奉旨前往。还给监狱囚犯、瘟疫患者等治病。所以，御医不一定都能给皇帝看病，给皇帝看病的不一定都是御医。

考选迁转太医院的御医，来自全国各地，从民间医生以及举人、贡生等有职衔的人中，挑选精通医理，情愿为宫中效力的人，量才录用。如康熙年间，北京同仁堂创始人乐显扬曾任太医院吏目一职，其子凤鸣承袭父业，雍正年间同仁堂供奉御药房的宫廷药材，前后八代，一百八十八年。太医院还设有教习厅，培养医务人才。经历六个寒暑，通过考试合格，才能录用为医士或医生。（《光绪大清会典事例》卷一千一百五）他们的晋升，六年考试一次，成绩合格，没有差错，一次升补。考试受八股文影响，如一次考题为“知者乐水，仁者乐山”，还看重书法。太医开药方，要字迹端好。这项人事录用和晋升制度的优长是：第一，将考选、迁转限制在院内，调出、调入均少，利于人才队伍稳定；第二，御医、吏目、医士等采取考试方式选拔，择优录用，利于业务水平提升。

薪资待遇太医院的院使月银三两，左右院判、七品御医均月银二两二钱，吏目、医士月银一两五钱。（《光绪大清会典事例》卷二百五十）雍正元年（1723年）规定：医士月给公费饭银一两五钱、米九斗。而一个普通太监月银二两，可见御医的俸银是偏低的。

御医治病《明史·职官志》记载，给皇帝看病六要：一要组成班子，院使、御医和内臣三方共责，相互监督。二要会诊，共同诊断。三要共同选药，联名封记药剂。四要共同监视煎药。五要共同尝药，就是每二剂合为一，煎熟，分作二器，一份御医、内臣先尝，一份进御。清朝比明朝尝药更为严格：一器由御医、院判、内监依次尝药；另一器进御。（《光绪大清会典事例》卷一千一百五）六要脉案方剂存档备查。

药房设药库储存药材。药材按定例给价，由药商采办，内药房医生切造炮制。清宫药房名目繁多，如御药房、寿药房、东药房、西药房、内药房、外药房、乾清宫药房、武英殿露房、长春宫药房、永和宫药房等。有储药、煎药、配制药品等职能。