不知道是不是应了碑文所言，就在唐王朝走下坡路的同时，吐蕃王朝也开始了四分五裂。

公元842年，吐蕃赞普朗达玛邬都赞去世，他的嫡妃与次妃分别有一个儿子，由于嫡妃之子云丹的身世大有蹊跷，因此年纪较长的次妃之子威宋也得到了相当一部分贵族的拥戴。

吐蕃王朝的两位王子开始为了赞普之位发生内战。战事自发端之后便不可收拾，贵族战争与平民起义此起彼伏，藏区民生凋零，武功与文治都江河日下，各大地方势力割据，进入了长达四百余年的混乱时期。直到成吉思汗兴起，藏区才再次统一并向元王朝归顺。

在这个混战时期，藏区的佛教大盛，虽然屡有灭法之事，却势头不减。这其中相当一部分原因，就缘于赞普家族的后人多数都出家为僧尼，这也是后来的藏区能够政教合一的原因。

大约在公元1260年前后，元太祖忽必烈将藏区萨迦派宗教领袖八思八册封为国师，并迎往上都（北京）宫中接受他的灌顶，然后将藏区的管理权作为自己对上师的供养授予八思八。

萨迦家族繁衍生息，法座主持者的妻子中还普遍都有元王朝的公主，将这个管理权代代相传，由此开始了政教合一的模式。

萨迦巴家族统治藏区约一百年，在争战中输给了朗氏家族、帕竹万户长、泽当寺主、噶举派的绛曲坚赞，从此开始了帕竹政权的传承。

帕竹政权从公元1354年到1618年存在了264年，噶玛噶举派此后又推出第悉藏巴政权，维持了一段短暂的统治。

公元1642年，蒙古固始汗率兵入藏，将最后一位第悉藏巴噶玛丹迥旺波溺死在拉萨河，迎请格鲁派五世达赖喇嘛到日喀则，转而将西藏地九九藏书网方的全部政权交给了五世达赖喇嘛，建立起甘丹颇章政权。噶举派的势力从此由格鲁派取代，甘丹颇章政权开始。

早在格鲁派取得西藏管理权之前，格鲁派的高僧、追认的三世达赖索南嘉措曾劝蒙古俺答汗返回内蒙，并于1588年接受了明神宗所赐灌顶国师的称号。四世达赖云丹嘉措也接受了明神宗给予的“恰达多吉桑结”(遍主金刚佛)称号及官帽、官服及印章。

再往后，五世达赖入晋清王朝，并认可元明两朝对藏区管治者的任免权。按照这个宗旨，萨迦派和帕竹两派的后裔在举行典礼时被列在首席，获得殊荣。以此表示他们得到过元、明两朝历代皇帝赐给的封文、印信，曾经执掌过统治西藏地方的权力。虽然说“五十年河东五十年河西”，格鲁派已经开始治理全藏，但是同时在礼节文书中有了新规定，噶举派的大喇嘛活佛们可以拥有高于格鲁派法座的座垫。

第十二饶迥木龙年（1724年），雍正帝向达赖喇嘛颁赐诏书、金册、金印， 授予政教合一权力。从此开始历代达赖喇嘛年满18岁亲政的规定。

乾隆十六年，乾隆帝授权七世达赖喇嘛格桑嘉措可以委任三俗一僧4名噶伦辅政，包括后来的历代摄政王在内，都由中央政府颁布委任状，这一噶厦政府机构一直维持到公元1959年。