转年到了1228年的3月23日，罗马圣彼得大教堂的大门上贴出了告示。腓特烈第一次被开除教籍尚未解除，又被第二次开除了教籍。

第二次开除教籍的理由一言以蔽之就是对罗马教皇缺乏恭顺之意。

在格列高利教皇看来，被开除教籍的人必须扔掉一切跑到教皇这里，穿上象征悔罪的简陋衣服，在纷飞的大雪中肃立三天三夜，乞求解除开除教籍的处罚。而腓特烈却只写来了一封信，而且满纸充斥着反驳的论调，真是不成体统。

然而，腓特烈二世皇帝不是因“卡诺莎之辱”而留名历史的亨利四世皇帝。格列高利教皇已经刹不住车了。在公布的开除教籍告示中，教皇向全体基督教徒发出了以下命令。

一、对被开除教籍者的逗留及途径之地一律处以“禁止教务”的处罚。

所谓“禁止教务”，可以说是开除教籍的前一阶段，是教皇给俗界的处罚。一旦被处以“禁止教务”的处罚，从弥撒到出生洗礼、婚礼、葬礼统统不能举行。

当然，由于不能举行基督教徒不可或缺的这些仪式，这些人离人们祈愿死后要进的天堂便更加遥远了。

“开除教籍”是给个人的处罚，但“禁止教务”则是给居民共同体的处罚。两者在这一点上也不相同。

二、居住在被开除教籍者所领有的所有土地上的人民，将从对此人发誓顺从的义务中解放出来。因而，人民不再需要纳税，也不再需要应征当兵。

“开除教籍”是罗马教皇最强大的武器，原因就在于不论是皇帝还是国王，任何人都没有义务服从被开除教籍者。教皇说了，家臣和士兵都可以离开，任何掌权者都有陷入孤立无援状态之虞。正因为如此，亨利四世才会在纷飞的大雪中，在卡诺莎城门前连续肃立以表恭顺，乞求卡诺城里的教皇格列高利七世为他解除开除教籍的处罚。

“开除教籍”这个词在中世纪历史中频繁出现，到了令人腻烦的地步。虽然这个词的词源为当时通用语言拉丁语，但却不是古罗马帝国时代就有的拉丁语，而是古代末期基督教会造出的拉丁语，在词典中的分类是“后期拉丁语”。

非一神教世界是不会产生这种语言的，因为开除教籍意味着被从同教信徒组成的社会中驱逐出去。换句话说就是牧羊人把羊群中的一只羊赶了出去，还对它说“你不可以回来”。牧羊人就是罗马教皇。在教皇看来，皇帝也好，国王也罢，都只不过是羊群中的一只羊而已。

因而，“开除教籍”成了教皇手中强大的武器。不过，教皇格列高利九世向皇帝腓特烈二世打过来的这个武器还另有重大意义。尤其是“命令”的第二项，规定腓特烈的部下臣民已无义务服从于他。单凭这一项，腓特烈事实上已经不可能远征了。但教皇又向信徒发出了下述第三项命令。

三、被开除教籍者率领的军队不是十字军。因而允许该军队行军沿途地方的民众阻止其行进，并可以抢夺该军队运送的物资。

不过，这第三项所引起的反响超出了教皇的预料。

在那个时代，多半人是信任十字军的。在他们看来，教皇诏书的第三项反映的是教皇阻碍十字军远征甚于任何人，就连老百姓都意识到了这个矛盾。

由于这些情况，尽管腓特烈一连两次遭到开除教籍的处罚，但可以说几乎没有因此受到实际损害。既没有臣民暴动，也没有诸侯叛离。不仅如此，就连大主教、主教这些有义务绝对服从教皇的人也都继续留在了腓特烈身边，并明确表示将与腓特烈率领的十字军同行远征。这就是说，连大主教都不理睬教皇的命令了。

当然，腓特烈不得不面临的问题不仅是被开除教籍。在第二次公布开除教籍的一个月前，他正驻跸福贾王宫，开罗苏丹的特使前来拜访。阿尔-卡米勒派来的特使和上次一样还是法拉丁，但他带来的苏丹亲笔信的内容却与上次大相径庭。

阿尔-卡米勒在信中告知了叙利亚苏丹于去年冬天去世的消息。没有人怀疑阿尔-穆阿扎姆不是因病自然死亡。正是这样，令阿尔-卡米勒头痛的叙利亚派的反抗也平息下来了，像是自然消亡一般。

就这样，由于弟弟以平稳的形式退出了舞台，叙利亚和埃及自然成为一体。47岁的阿尔-卡米勒和伯父萨拉丁及伯父去世后的父亲阿迪勒一样，成了整个中近东伊斯兰世界唯一的最高权力者。

他已经没有必要通过归还对伊斯兰教徒而言也是圣城的耶路撒冷，来请求腓特烈不要进攻埃及。法拉丁带来的阿尔-卡米勒的亲笔信归纳成一句话就是，我已经决定不再归还耶路撒冷，你就不要为此而来远征了。

这就等于，腓特烈本打算通过十字军远征和平收复圣城的计划，尚未付诸实施便夭折了。

更有甚者，教皇传话要他出发，却不见一点儿要为他解除开除教籍处罚的关心。

被开除教籍的腓特烈率领的十字军成为得不到教皇祝福的十字军。十字军原本始于教皇的倡导，这样一来，腓特烈就连“十字军”领导者也不是了。也就是说，以免罪之名给予参加十字军者的报偿，也不会再给予跟随腓特烈远征东方的将士们了。

如果想顺从当时的气氛，腓特烈就应该暂缓在这样的状况下率军出发。他应该暂停远征，满足教皇的要求，身裹破衣烂衫，赤脚前往罗马，以悔罪的姿态站在圣彼得广场，心无旁骛地祈求教皇为他解除开除教籍的处罚。以被开除教籍之身率领十字军远征，这本身就是徒劳。

尽管如此，腓特烈以毫不掩饰的亲切之情送走了法拉丁，却没有改变出征的计划。

为什么32岁的皇帝在这种情况下仍然决定要出征呢？

腓特烈不是不想率领十字军去远征，只是不想按照以往十字军的方法率军前去而已。

而且，他不认为教皇与皇帝是“教皇是太阳，皇帝是月亮”的关系。

腓特烈更相信，耶稣基督所说的“皇帝的归皇帝，上帝的归上帝”才是正确的。

腓特烈认为，既然所谓十字军远征既是军事，又是政治，还是外交之事，那么，这一切正如耶稣所说，应该是皇帝负责的领域。另一方面他也认为，宗教上的事情归在教皇管辖之下也属当然。

这个观点改用现代的说法就是“政教分离”。后世的欧洲把这种观点称作“世俗主义”。腓特烈在那不勒斯创设了只招世俗学者教授罗马法的大学，帮助普及了阿拉伯数字，认为连十字军远征也都应该由皇帝、国王和诸侯等世俗之人去做。也许腓特烈就是政教分离主义者或世俗主义者，尽管他生活的那个时代还没有这些名词。