神圣罗马帝国皇帝亲自进入圣地，这在十字军历史上是第一次，也是最后一次。全体居住在中近东的基督教徒一片狂热。

不只是居住在阿卡的人们，居住在附近城市的基督教徒也都赶来，前来朝圣的人们也都加入了进来。港口挤满了群众，甚至有人被挤得掉进了海里。

腓特烈沐浴着秋天的阳光，在耶路撒冷总主教和阿卡大主教等中近东十字军国家要人的迎接下前往王宫。居住在中近东的基督教徒们，看到了年轻皇帝骑在马上的雄姿，看到了保护他们安全和繁荣的人。

腓特烈受到了从上到下的一致欢迎，心情似乎很好。他写了一封反映抵达后受到热烈欢迎的信交给同行的巴里大主教，让他送回去交给格列高利教皇。腓特烈期望教皇能改变主意，解除对他的开除教籍处罚。腓特烈还命海军将领恩里克与巴里大主教同行，并交给他一项任务，再带20艘船回来。

可是，他们二人的船与带着教皇命令的修道僧所乘之船走岔了。修道僧抵达阿卡后，把教皇的敕令交给了常驻中近东基督教神职人员的总管耶路撒冷总主教。

敕令通知，再次开除皇帝的教籍，基督教徒完全没有义务服从这个皇帝，尤其禁止宗教骑士团服从腓特烈的命令，严禁在皇帝的旗帜下战斗。

接到教皇的这份敕令后，阿卡的居民们动摇了。但他们毕竟刚刚亲眼看到年轻皇帝进入圣地的盛况。于是，阿卡的人们分裂成了两派，一派是以教皇的敕令为由开始敌视皇帝的人，一派是尽管如此仍将希望寄托在腓特烈身上的人。

被具体点名的宗教骑士团内部也为到底是跟随教皇还是跟随皇帝进行了激烈的争论。

圣殿骑士团、医院骑士团和其他诸多修道会一样，处在教皇的直接管辖之下。也就是说，他们有义务绝对服从教皇的命令。但是，他们在中近东居住已久，对住在被伊斯兰教徒三面包围的十字军国家中基督教徒的现状了如指掌。

结果，圣殿骑士团和医院骑士团也都决定与腓特烈合作。不过，在向教皇报告这个决定时所列的理由，表现了做出这个决定对他们来说是一个痛苦的选择。

“与皇帝合作的条件是仅在眼下同他合作。而且我们的合作不是在皇帝的名下，而是在为了上帝和基督教徒的名义之下。”

尽管同为宗教骑士团，条顿骑士团则不存在什么问题。原因是这个骑士团的入团条件是团员仅限于德意志贵族，他们不在罗马教皇的管辖之下，只服从皇帝的命令。

话虽如此，人们一定会认为腓特烈在圣地对这些事情的安排很聪明。十字军是他亲自率领的，但他却把条顿骑士团团长赫尔曼放到了总司令的位置上。这就是说，在形式上，第六次十字军不是由被第二次开除教籍的皇帝所率领，率领它的是把一生献给了保卫圣地的宗教骑士团中的条顿骑士团团长。