首先是腓特烈最重视的司法方面。

只要不排除以往随心所欲行使权力的封建诸侯和神职人员的干预，就无法实现施行法律时的公平和公正。为此，需要有专家取代被排除的人来负责司法领域。正因为如此，那不勒斯大学的法学部变得重要起来。对法律专家的需求也无止境，因为腓特烈决定法官在一地的任期为一年，并将此作为保证公正的一项措施。判决也必须在任期内做出，也许腓特烈认为，判决的公正也体现在尽快拿出结果方面。然而想想现在的意大利，一个判决竟要拖10年以上，真让人叹息。

腓特烈还让法官、检察官、辩护人三方各自成立自己的同业者行会。他已经让医师和药剂师成立了行会，使这些中世纪的自由职业者第一次有了保护自己权益，同时又能以合适的经费完成职务的行会组织。

既然提倡法治国家，就需要形成任何人都能诉诸审判的环境。《梅尔菲宪章》规定，穷人、寡妇、孤儿等社会弱势群体诉诸审判的全部费用由国家负担。《梅尔菲宪章》还承认了上诉权，这明显继承了罗马法。也就是说，单凭被人起诉不能定罪。与罗马帝国时代一样，《梅尔菲宪章》还规定应直接向皇帝上诉。