腓特烈肯定是在格列高利教皇宣布把北欧的主教也召到罗马参加公会议的时候，决定用实力说话的。这里的诉诸实力，就是在半道上俘获那些从热那亚南下罗马的出席公会议的参会者。不过，皇帝已经不需要密探跑来秘报这批人已经离开热那亚的消息，皇帝甚至也不需要在得到消息后向海军司令下什么命令，因为他已经周密部署了作战计划。

根据这个计划，作战由西西里王国海军实施，皇帝派的海港城市比萨配合。西西里海军司令已经率领由适合海上战斗的窄体加莱船组成的船队在比萨港待命了。皇帝只需将参会者船队离开热那亚港的消息送至在比萨待命的司令即可，这个消息便是他立即出战的信号。教皇和热那亚对这个作战计划一无所知。

我们不知道皇帝和比萨联合舰队的规模如何。但这次战斗的成功与否将取决于精锐军队的速战。所以，哪怕舰队在数量上不敌30艘热那亚南下船队，肯定也是由被称为快速加莱船的窄体船组建而成。

而从热那亚离港的30艘船中帆船似乎占了一半数量。高级神职人员平日里惯于养尊处优，不喜欢乘坐住宿条件较差的加莱船。不过，热那亚还是配备了数量足以应付小规模海战的加莱船护航。

4月到5月间是第勒尼安海最适合于游艇航行的季节，经常是天气良好，微风轻拂。船儿从热那亚南下，惬意地航行在海上。在比萨港待命的皇帝舰队先把远处海面上南下的30艘船放了过去，让他们航行到逃不回热那亚的距离以外。通过热那亚送来的情报，皇帝舰队还了解到，教皇船队里有一半是行动不便的帆船。

待教皇船队走完四分之三的航程时，皇帝和比萨的联合舰队开始出动。他们充分利用快船船队的长处，全速追击。在吉廖岛和基督山岛中间有一座名叫梅洛里亚的无人岛。皇帝舰队在这座小岛附近的海域追上了教皇船队，并且形成了皇帝海军在前堵截，比萨海军在后追击的局面。

海上作战的基本战术是，一旦开战，就要降下船帆，靠划桨来灵活行动。自然是由加莱船，尤其是窄身加莱船组成的皇帝和比萨的联合舰队能够充分利用这种优势。

第勒尼安海及其周边

5月3日，这场历史上以“梅洛里亚海战”而闻名的战斗在仲春的海上开战，结果以教皇船队的惨败而告终。对一向自认为拥有地中海头号控船能力的热那亚汉子而言，这简直就是耻辱。

派去的30艘中有3艘沉没，22艘被俘获。逃回热那亚的船只，连同司令乘坐的那艘在内，总共只有5艘。

4 000人成为俘虏，其中400人是以大主教和主教为首的神职人员。败北一方的死亡人数不详。而获胜方的损失极小，编年史中写的是“数量不足为记”。不过，即便不足为记也会有少量伤亡，牺牲的只是人员，而没有损失一艘船。战败方的高级神职人员也没死一个，反映出腓特烈“抓活的”的命令得到了彻底贯彻。

捕获的人和船被带到了比萨。腓特烈的儿子、25岁的恩佐迎接了成为阶下囚的高级神职人员。恩佐不仅是出众的美男子，还以举止有品位而闻名。他一定不会怠慢这些神职人员。热那亚的船员们在比萨过起了牢狱生活。而皇帝下令将这多达400名的神职人员押送到意大利南方。命令得到了忠实的执行。

这些人收容在分散于意大利南部各地的城堡之中。梅尔菲城也是其中之一，城中一隅留下了他们被禁闭的痕迹。那是围着中庭的一串小房子，而不是地牢，环境并不使人感到不快。腓特烈此次诉诸实力的目的是阻止召开公会议，这些人都是要出席会议的人，只要把他们捉住隔离起来也就足够了。

梅洛里亚海战将大主教、主教和修道院长们一网打尽，使整个欧洲胆战心惊。皇帝原本的任务是捍卫基督教，现在却胆大包天地公然挑战教皇。在欧洲信仰笃深的基督教徒眼前，皇帝上演了这样的一幕。

公会议泡汤了。教皇要求皇帝释放被抓捕的高级神职人员。我们不知道皇帝是如何回应教皇的。我们只知道一件事，教皇只是给已经成为阶下囚的高级神职人员不断写信，安慰和鼓励他们。腓特烈并没有扣压或检查这些信件，他对这种只看一时的做法不屑一顾。

在另一方面，腓特烈在这个时期迈出了意义更大于梅洛里亚海战的决定性一步。他开始公然入侵被称为“圣彼得的资产”的历代罗马教皇所拥有的教皇领土。