腓特烈在意大利南部福贾的王宫里度过了圣诞节和自己的生日。刚进入翌年1245年的1月，他便得知教皇要召开公会议。几天后，他又得知里昂公会议的讨论议题，第一个是教会内部改革，第二个是派遣新的十字军，第三个是如何对付不断入侵东欧的蒙古。

只要知道这些，年届五旬的腓特烈会立即明白，在里昂召开的公会议并非为了讨论这些难以轻易解决的问题，而是为了隐藏在公会议之名背后的异端审判。

所谓“异端”指的是那些身为基督教徒却拥有错误信仰的人。因而对异端的审判也在基督教会的首脑罗马教皇的管辖之下。

借公会议之名把腓特烈作为对象的异端审判已有先例。4年前的1241年，教皇格列高利九世企图在罗马召开拉特兰公会议就是先例。当时，腓特烈埋伏在海上，抓捕了经海路去罗马的高级神职人员，让公会议流产。4年后，教皇英诺森又要在里昂召开公会议。在里昂与在罗马不同，腓特烈无法在海上抓捕出席者而使公会议流产。腓特烈决定前往意大利北部，在那里准备应付里昂公会议。

腓特烈猜对了。1245年4月，教皇在里昂发出了通缉令，目标不仅是腓特烈，还扩大到了腓特烈的两个儿子恩佐和曼弗雷迪。父子三人都被张榜通缉。三个人所在之处都很清楚，所以“通缉”也只是怪谈，但这是罗马教皇反对皇帝的第一枪。

事已至此，腓特烈也需要有人站在审判现场为自己辩护。公会议只有神职人员才有资格出席，但允许俗界君王的代理人出席。皇帝任命塔德奥·达·塞萨为自己的代理人。他忠心可鉴，逻辑性强，雄辩，热情洋溢，说服力强。但是，无论是公会议，还是异端审判，都要在教会法的框架之下，亦即“检举等于判决”的范围内进行。

为了防备公会议，腓特烈必须去意大利北部。意大利南方和西西里岛组成的西西里王国一直不需要他担心，这对他是一种巨大的安慰。

在15年前公布的《梅尔菲宪章》的基础上，西西里王国享受着和平，富饶且秩序井然。以恩里克·迪·莫拉为首的封建诸侯变身为腓特烈手下的高级官僚，他们发自内心地协助腓特烈实现了这个目标。但这些第一代人去世的去世，退场的退场。不过，作为他们儿辈的第二代人已经被腓特烈作为后备干部培养起来，被任命担任要职，活跃在第一线。而且，腓特烈的儿子们比第二代人还要年轻10岁，现在也已经成长起来。后备干部往往30岁上下就被任命担任要职，而皇帝的儿子们不到20岁就被派到了第一线。

后备干部和皇子们在年龄上都是第二代，他们长大后也互相合作，推进事业。这是很自然的事情。他们在皇帝身边亲密无间地度过了成长期。腓特烈有他的方针，如果开罗的苏丹送来应用东方最新技术制造的水钟和宇宙仪，年轻人就会并肩观摩。他们还一起旁听皇帝与朋友们的谈话，一起随同皇帝外出鹰猎。他们之间当然有强烈的同窗意识。

托付给这些“第二代”的不只是西西里王国这一个地方。甚至连被称为“圣彼得遗产”的意大利中东部的马尔凯地区和佛罗伦萨的统治也都交给了他们。但在意大利北部，以米兰为领袖的伦巴第同盟尚未被完全抑制，所以这里被托付给了已经用业绩证明自己的能力、经验老到的两个人。一个是儿子中的最年长者、已经29岁的现任撒丁王恩佐，另一个则是封建诸侯中的能人，冷酷而富有军事才能的维罗纳领主埃泽里诺·达·罗马诺。

正如腓特烈在他的著作《驯鹰的艺术》中所表现的那样，他有着一种强烈的性格倾向：只要情况允许，他要把所有事情安排好之后再向前迈进。突发性的临时起意也许来自跟朋友们的愉快聊天。

1245年4月，腓特烈离开意大利南方，前往意大利北方。为了防备里昂公会议，他还有一件事情要做，他要去维罗纳。在维罗纳召开“诸侯会议”的请柬已经发给了阿尔卑斯山北面的诸侯们。如果定在维罗纳开会，即使是从德意志赶来，也只要翻过布伦纳山口就能到达。这一年，17岁的儿子康拉德自然也要来维罗纳。他是嫡出，是腓特烈的第一继承人。这一点他与年龄比他大但是庶出的恩佐不一样。

6月2日，世俗领主和圣职人员领主到齐，皇帝在会上做了说明。他明白坦率地讲了自己与教皇之间长年争执的起因，讲了教皇的说法和自己的说法。听说他讲话没有使用与自己帝位身份相符的拉丁语，而是用了全体与会者都能听懂的德语。德语作为一门语言，当时尚未发展成熟。

除了封建诸侯以外，奥地利公爵、摩拉维亚公爵、卡林西亚伯爵等地处神圣罗马帝国境内但独立色彩浓厚的地方领主也都前来出席了在维罗纳召开的“诸侯会议”。腓特烈皇帝已经把话说清，为的是不管里昂发生什么情况，都要将其波及到阿尔卑斯山北侧这些地方的影响降到最低程度。

诸侯们回阿尔卑斯山北面去了，只有康拉德在维罗纳逗留了一段时间。而这两个星期是他们父子共同度过的最后时光。