五四运动爆发时，周作人正在日本探亲。5月12日，他得知消息后，立即匆匆回国。6月3日，他和刘半农等人以北大代表的名义去北大第三院法科慰问因声援学生运动被捕的中小学生，为军警所阻。次日下午，他参加北大教职员回忆，讨论营救被捕学生之事。5日，他路遇大队军警包围学生演讲，是夜，写下《前门遇马队记》，对军警的行为进行谴责。14日，得知陈独秀被捕后，他和李辛白、王星拱等人以北大代表的名义到警察厅探望。

1921年，北京发生教育风潮，周作人发表《碰伤》一文，说教职员学生“这次碰伤的缘故由于请愿。……请愿的事，只有在现今的立宪国里，还暂时勉强应用，其余的地方都不通用的了。例如俄国，在一千九百零几年，曾因此而有军警在冬宫前开炮之举，碰的更厉害了。我希望中国请愿也从此停止，各自去努力吧。”

1922年3月，李大钊、陈独秀、蔡元培、汪精卫、邓中夏等人成立“非宗教大同盟”，号召反对宗教，特别是基督教。随后，周作人、钱玄同、沈兼士、马裕藻等人发表《主张信教自由者的宣言》，主张：“我们不拥护任何宗教，也不赞成挑战的反对任何宗教。我们认为人们的信仰，应当有绝对的自由，不受任何人的干涉，除去法律的制裁以外，信教自由，载在约法，知识阶级的人应首先遵守，至少也不应首先破坏。我们因此对于现在非基督教同盟的运动表示反对。”此后，周作人多次重申自己维护“信教自由”的立场。

自五四以来，周作人一直提倡思想自由。1924年，他与鲁迅、孙伏园、钱玄同、林语堂等人创办《语丝》，周作人在发刊词中说：“我们个人的思想尽自不同，但对于一切专断和卑劣之反抗则没有差异。”“我们这个周刊的主张是提倡自由思想，独立判断，和美的生活。”

1924年，周作人的《自己的园地》，与《独秀文存》、《胡适文存》等书一起被北洋政府查封。

1925年，女师大风潮爆发，周作人明确支持学生。他发表文章，批评女师大校长杨荫榆“只想开除几个学生，或用别的高压手段消除风潮，整顿学风，是所谓南辕北辙，适得其反。”他明确要求杨“能够因教育前途之棘而引咎辞职”。8月19日，教育部专门教育司司长刘百昭率武装巡警强行接收女师大，学生代表与警察发生冲突，7名学生受伤，各校、各团体声援代表14人被捕，周作人在给友人的信中愤怒地说：“北京教育部的总长司长动不动就以保安队及打手从事，……我的沉默之期或者也不很远了罢。”

“三·一八”惨案发生后，周作人撰文痛斥北洋政府，他说：“这是北京城中破天荒的大残杀，比五卅上海事件更为野蛮，其责任除政府当局段祺瑞、章士钊、贾德耀诸人直接负担，我们要求依法惩办外，对于国民军的首领也不能屈为谅解。”他对牺牲的女学生给予极高评价，称她们为“新中国的女子”。他为遇害的刘和珍、杨德群送殡，并送去挽联：“死了倒也罢了，若不想到二位有老母倚闾，亲朋盼信；活着又怎么着，无非多经几番的枪声震耳，弹雨淋头。”他挽“三·一八”惨案中遇难者的另一联云：“赤化赤化，有些学界名流和新闻记者，还在那里诬陷；白死白死，所谓革命政府与帝国主义，原是一样东西。”

周作人挽“三·一八”惨案中遇害的中法大学学生胡锡爵：“什么世界，还讲爱国？如此死法，抵得成仙！”

在女师大的复校典礼上，周作人说：“这一次本校死了两位同学，我看见她们的遗体，看见她们入殓，我很受一点感动，使我对于死有一点了解。”

“五卅惨案”发生后，周作人愤然写下《对于上海事件之感言》，随后又写下《吃烈士》一文，讽刺“五卅惨案”中镇压工人有功而“加官进爵”的官僚和借“五卅”“博得蝇头之名利”的商贾是在“吃烈士”。

“四·一二”政变发生后，周作人发表《吴公如何？——致荣甫先生》，明确表示：“要不要清党，我们局外人无从说起，但是那种割鸡似地杀人的残虐手段我总不敢赞成，白色恐怖绝不会比赤色的更好。”他在文中质问胡适道：“以我贫弱的记忆所及，《青天白日报》记者二名与逃兵一同斩决，清党委员到甬斩决共党二名，上海枪决五名姓名不宣布，又枪决十名内有共党六名，广州捕共党一百十二人其中十三名即枪决……清法着实不少，枪毙之外还有斩首，不知胡先生以为文明否？”9月，他又一次批评蔡元培、胡适二人身在上海，却对清党运动“视若无睹”。

1933年，周作人致函许寿裳，请蔡元培营救以“共产党”名义被捕的女师大学生郑德音。