章太炎反满革命，被俞樾詈为“不忠不孝”，章遂作《谢本师》一文，与俞断绝师生关系。周作人在日本听章讲学，对章执弟子之礼，后章依附孙传芳，周亦作《谢本师》与章断绝师生关系。抗战时期，周作人与其学生沈启无反目，沈作《谢本师》与周绝交。

周作人思想左倾，他拥护无政府主义思潮，并倾向社会主义。1927年，国民党清党时，周作人撰文明确表示反对国民党屠杀共产党人。他对国民党、蒋介石一向轻蔑、厌恶，认为蒋其人一无可取，不可信任。

周作人在《我最》一文中说：“我最不喜欢谈政治”，“《新青年》的同人最初相约不谈政治”，“政治我是不喜欢谈的，但也有要谈的东西。我所顶看不入眼而想批评的，是那些假道学、伪君子”。

抗战爆发前，周作人坚决反日。他抨击日本在北平办的汉文报纸《顺天时报》是日本侵略者在中国的一张机关报。他撰文批判日本帝国主义说：“日本人爱美，这在文学艺术以及衣食住行的形式上都可看出，不知道为什么在对中国的行动，却显得那么不怕丑……”

蒋梦麟回忆，一次，某日本人到北大讲演中日文化合作，周作人对其说：“谈到中日文化合作，我没有看见日本人的文化，我倒看见他们的武化，你们都是带着枪炮来的，那里有文化，只有武化。”

因为留日和妻子的缘故，周作人对日本一直存有好感，但到晚年，他说：“日本民族所喜欢的是明净直，那么这些例（指藏本失踪事件、河北自治请愿事件、成都北海上海汕头诸事件、走私事件、白面吗啡事件）使即可以证明其对中国的行动都是黑暗污秽歪曲，总之所表示出来的全是反面。日本人尽有他的好处，埘于中国却总不拿什么出来。所有只是恶意，而且又是出乎情理的离奇。这是什么缘故呢？”

“九·一八”事变后，周作人在《关于征兵》中写道：“吴公稚晖说过，他用机关枪打过来，我就用机关枪打过去，这是世界上可悲的现象，但这却是生存竞争上惟一的出路。修武备，这是现在中国最要紧的事，而其中最要紧的事则是征兵。”

耿传明在《周作人的最后22年》中写道：“抗战之前，他（周作人）对郑振铎说过这样的话：‘和日本作战是不可能的。人家有海军。没有打，人家已经登岸来了。我们的门户是洞开的，如何能抵抗人家？’……中日开战之后，他不相信退守大后方的国民党，会有有朝一日收复中原的可能。”