1958年，刘文典在昆明逝世。按照他的遗嘱，家人将他收藏的文物全部捐献给了安徽博物馆。
按照夫人张秋华的意愿，刘文典逝世后没有立即火化，而是用棺木土葬在了云南大学后面的圆通山上。一年后，由儿子刘平章取出骸骨，火化后送回祖籍安庆安葬，开始简葬于古月庵，后来正式安葬在怀宁县总铺高家山（今属安庆市）。