辜鸿铭原本打算在日本终老，但随着中日关系的恶化，辜日渐受到冷落和白眼。1927年秋，辜只身踏上归途，返回北京，蛰居在椿树胡同的家中，生活极为贫困，有时甚至无米为炊。

好友梁敦彦去世后，辜鸿铭沉浸在弥尔顿失明后的诗作里。其时，辜精神上异常苦痛，“日惟祈求速死”。

1928年3月，辜鸿铭突然发高烧，各种治疗均告无效，身体日渐衰微。后来痰中出现血丝，中西医诊断均为肺炎。4月底，已经无法进食。病中，辜鸿铭仍不时要求爱女珍东为他朗诵《失乐园》。

30日，辜鸿铭感觉大限来临，两个女儿床前饮泣。下午3时40分，辜鸿铭几乎无声地说了句“名望、地位都不过是泡泡，转瞬即逝”之后，永远地闭上了眼睛。

辜珍东是淑姑所出，辜娜娃为吉田蓉子所出（一说二女均为淑姑所出），她们不仅聪颖明慧，学得多国语言，而且继承了乃父骄傲、清高的性格。据说，辜的一位弟子暗恋珍东多年，终于鼓足勇气前来求爱，珍东却说：“只要你用中、英、法、德、意、日六种文字各写一封求爱信，什么都依你。”一句话吓退了求爱者。辜鸿铭去世后，他的两个爱女十六岁的辜珍东和辜娜娃在苏州削发为尼。

据辜振甫回忆，辜鸿铭只有一子一女，子名守庸，40年代便已去世，无后。女名震东，喜着男装，经年长袍马褂，举止有若须眉，终身未嫁。