1930年1月24日，出生于南京，年幼多病；

1931年7月，父亲吴竹似去世；

1933年1月，母亲邓季惺与陈铭德结婚；

1936年，进南京山西路小学读书；

1937年，抗战爆发，举家西迁至重庆，在精益小学解读一学期后，进巴蜀小学；

1941年，进重庆南开中学；

1942年，转学成都高琦初中；

1944年，考入金陵大学附属金陵中学高中部；

1945年，抗战胜利，随金陵中学迁回南京，父母所经营的《新民报》成为拥有南京、重庆、成都、上海、北平等五地八刊的国内最大民营报业集团；

1947年，患上肺结核病，被迫停学；

1948年，考入金陵大学，因病再度休学；

1948年10月，随母逃亡香港，待船去解放区；

1949年4月，回到北平，肺病复发，住结核病医院；

1950年1月，在南京金陵大学复学，就读经济系；

1952年，肺病再犯，住疗养院，结识金陵女大儿童福利系学生周南；

1952年9月3日，批准加入中国共产党；金陵大学经济系并入上海复旦大学；

1953年，大学毕业，因肺病未愈，留校一年；

1954年，被分配到中国科学院经济研究所，为兼任研究员冀朝鼎、姜君辰等作助手，后跟随援华的苏联财政专家阿·毕尔曼研究企业财务问题；

1956年6月，与周南结婚；经济研究所青年与党支部领导之间爆发关于“向科学进军”的争论，吴敬琏积极参加了争论；

1957年，因为犯有在青年中宣传《在桥梁工地上》、《组织部新来的年轻人》这类“右派小说”等“严重右倾”错误，受到党内严重警告的处分；

1959年4月，参加在上海举行的“商品生产和价值规律讨论会”；

1960年5月，《经济研究》刊出《社会主义社会的过渡性质》，这是第一篇产生较大影响的长篇论文；

10月，参加孙冶方组织的《社会主义经济论》写作班子；

1961年3月，参加中共中央宣传部举办的毛泽东《政治经济学读书笔记》学习班，参加于光远领导的《政治经济学》写作组；

1963年初夏，长女吴晓莲出生；

1964年10月，参加经济研究所“社会主义教育运动”，在《经济研究》上发表《社会主义生产目的不容歪曲》，批判孙冶方的“生产价格论”和“利润目的论”；

1965年8月，次女吴晓兰出生；

1966年，“文化大革命”爆发，被宣布为“走资派”，参加哲学社会科学部的群众组织“革命大批判指挥部”；

1969年11月，随中科院哲学社会科学部下放河北省息县的“五七干校”；

1971年4月，随学部干校迁到明港镇，被定性为“帽子抓在人民手中的‘五·一六反革命分子’”，送进劳改队改造，期间与难友顾准一起读书，成为忘年交；

1972年7月，随学部回到北京；

1974年12月2日，顾准去世；

1975年，赴山西大寨参加《大寨政治经济学》写作组，1976年夏在“反击右倾翻案风”中被“礼送出境”；

1976年冬，随于光远等人策划召开按劳分配学术讨论会；在5次讨论会中递交多篇论文；

1979年1月18日，参加中共中央召开的理论务虚会，做长篇发言批评大寨；

4月16日，为在江苏无锡举办的“社会主义经济中价值规律问题讨论会”写作论文，倡导国有企业自主经营；

年底，参与接待波兰改革派经济学家弗·布鲁斯；

1981年年初，参与接待捷克斯洛伐克改革派经济学家锡克；

1983年1月，赴美国耶鲁大学经济系和社会政策研究所做访问研究；

2月22日，孙冶方去世；

1984年7月，归国，随马洪等人为商品经济“翻案”；

8~9月，参加国务院改造振兴上海工作组，写作改造振兴上海战略部署规划；

秋，调入国务院技术经济研究中心任常务干事，随即转调到国务院经济研究中心任常务干事；

1985年，机构调整，任国务院发展研究中心常务干事；

1月，参加“经济过热与宏观调控”问题的争论；

7月，在讨论《中共中央关于制定第七个五年计划（1986~1990）建议（草案）》时，提出企业、市场体系和宏观调节体系三个环节配套改革的主张，后来这种主张逐渐形成中国改革中被称为“整体协调改革派”的学术派别；

9月，参加“宏观经济管理国际研讨会”（巴山轮会议）；参与创办《经济社会体制比较》，与赵人伟、荣敬本一同任主编；

1986年4月，被征调进入新成立的国务院经济体制改革方案研讨小组办公室，任副主任；

1987年，《经济改革问题探索》出版（1990年苏联科学出版社出版俄文版）；

1988年，《中国经济改革的整体设计》（合著）出版；《中国经济的动态分析与对策研究》（合著）出版（1989年韩国韩文版出版）；在《经济社会体制比较》杂志上首次用“寻租理论”来解释经济转型过程中腐败蔓延的原因；

1989年11月，在“总结70天经验”会议上与“计划派”论战；

1990年，7月，在中共中央的一个会议上与“计划派”再次论战，不久被称为“吴市场”；

秋冬，发起组织“中国经济改革总体设计”课题组；

1991年12月，发表《论作为资源配置方式的计划与市场》，出版《论竞争性市场体制》；

1992年1月，接任蒋一苇重庆市社会科学院名誉院长和《改革》杂志主编的职务，大力宣传邓小平的南方视察，推动改革；

4月30日，写《关于计划与市场提法问题的建议》寄送中央领导人，建议将经济改革的目标确定为社会主义市场经济；

1993年，在有关中国改革特点的国际讨论会的讨论中，不同意“渐进改革”的提法，提出用“体制外改革优先”（后改为“增量改革”）来描述中国的改革战略；

8月24日，《经济日报》刊发与钱颖一合作的《关于公司化》一文；《大中型企业改革：建立现代企业制度》（合著）出版；

11月14日，中共中央十四届三中全会通过《中共中央关于建立社会主义市场经济体制若干问题的决定》，多项主张被采纳，中国改革进入“整体改革”新阶段；

1994年，促成中欧国际工商学院在上海创建，并任专职教授；《现代公司与企业改革》出版；

1995年8月29日，母亲邓季惺在北京去世；

1996年3月，随同朱镕基到山东省诸城调研“放小”试验；

1997年，完成研究报告《实现国有经济的战略性改组》；与“计划派”发生论战，给中央写建言书提倡中小企业的产权清晰化改革；

1998年，被聘任中国国际金融有限公司（CICC）首席经济学家，直至2001年；

3月，当选第九届全国政协常委，任经济委员会副主任；《国有经济战略性改组》（合著）出版；东亚金融风暴影响中国经济；

6月，赴浙江调研，在呈报国务院的报告中建议采取大力扶持中小企业的政策，得到国务院的采纳；

11月，《财经》杂志刊发与汪丁丁的“关于中国改革前途的对话”，第一次提出了警惕“权贵资本主义”；

1999年，在研究中国高新技术产业发展时，提出“制度重于技术”；

2000年，3月，在参加全国两会时，反对炒作“互联网概念股”，引发一场大争论。4月，全球互联网泡沫破灭；

8月，香港浸会大学授予荣誉社会科学博士学位；

10月，支持《财经》发表揭发基金业黑幕的报道，引起广泛关注；

12月，中央电视台首度评选“CCTV中国经济年度人物”，以最高票获得“年度人物”第一名的大奖；

2001年，《改革：我们正在过大关》论文集出版；

1月14日，在中央电视台抨击“中国股市像一个很不规范的赌场”，引起轩然大波；

3月，《十年纷纭话股市》论文集出版，该文集的前言（《股市七题》）总结了与自己的批评者之间的主要争论；

2002年1月，筹办《比较》辑刊，任主编；

秋，与江平创建上海经济与法律研究所，2004年年初停办；在北京另办洪范经济与法律研究所和《洪范评论》辑刊；

2003年，参加多场论坛，倡导“法治的市场经济”；

3月，再度当选全国政协委员；获得国际管理学会（IAM）“杰出成就奖”；

2004年1月，再版《当代中国经济改革》（2004年英文版，2005年繁体字版，2007年日文版）；

7月，在多个场合警告片面追求“重型化”的战略不可持续，引发“中国工业化道路经济增长方式”的论战；

8月，“被动”卷入“国有资产流失”的论战；

2005年，受聘为麻省理工学院公开课件项目国际顾问委员会委员，至2008年；同期任国际经济学会（IEA）执行委员会委员；

3月，在全国政协全体会议上，提出“‘十一五’必须认真解决工业化道路和增长模式问题”；

8月，受聘为中国国际扶贫中心顾问委员会委员；

11月，出版《中国增长模式抉择》，此书荣获首届“中国经济学奖杰出贡献奖”和“张培刚发展经济学优秀成果奖”；

2006年3月，在全国政协大会上，重提国有企业的改革；

7月，与茅于轼教授共同发起筹资建立富民基金会；

8月，香港大学授予荣誉社会科学博士学位；

9月，出版《呼唤法治的市场经济》；

2007年，担任北京富平学校理事会理事；

2008年，在《中国企业家》发起评选的“30年最具贡献的十位经济学家”中，以最高得票率当选；当选南方报业集团、英国《金融时报》等“30年最具影响的十大经济学家”；

8月，受到“间谍门”谣言的诽谤攻击；

2009年8月1日，就任阿拉善SEE生态基金会理事长；

9月，在《财经》上发表总结中国60年发展的长文《中国经济六十年》；

2010年，1月24日，迎来80岁寿诞；《当代中国经济改革》第三版出版。