对即将到来的危险，吴禄贞并非毫无警觉。军谘局第三厅厅长陈其采曾奉朝廷之命，到石家庄侦察吴禄贞的行动。陈、吴系士官同期，二人私下交情也不错，但陈其采一到石家庄，吴禄贞就对他说：“你是涛贝勒派来监视我行动的吧？”

陈其采闻言大吃一惊，急忙分辩道：“军谘局无事可办，老同学开府三晋（指吴禄贞迁升山西巡抚），极愿追随左右，同建立一番事业，何必多疑？”

吴禄贞只疑心外来人员，万万想不到会祸起萧墙之内。1911年11月9日，预定发难的第二天，袁世凯奏明朝廷，将张绍曾调任长江宣抚使，从而削夺了他的兵权，其第二十镇统制一职由潘渠楹升任。

见第二十镇方面已无希望，11月10日，吴禄贞召集第六镇中级以上军官及晋军代表聚餐开会。在会上，他宣布将采取革命手段，于第二天早晨率部直趋北京，同时分发白布袖箍以为标志，规定凡不服从者军法从事。

为了继续蒙蔽清廷，吴禄贞在会后还特地找陈其采谈了一会儿话，之后才到一家洋行的楼房内就寝。他正要入睡，忽然有几名部下敲门要见“吴大帅”，说是要报告公事。

吴禄贞将房门打开，却见马步周等人拿着手枪，气势汹汹地闯了进来。他情知不妙，急忙跳后窗逃命，但刚刚跳出窗口即中弹身亡，其首级也被马步周割下，拿去向周符麟报功。

天还没亮，段祺瑞专车前往武汉，途中经过石家庄。周符麟上车将事情经过向段祺瑞做了汇报，并请示如何处理善后。

刺杀吴禄贞的行动乃政治阴谋，是见不得光的，段祺瑞因此告诉周符麟，此案将由中央也就是朝廷处理，至于会怎么处理还不知道，眼下最重要的是瞒天过海。

段祺瑞拿了五千元给周符麟，让他转交马步周作为赏钱。马步周被告知必须赶快离开，而且千万不可声张，以免留下后患。

在得知吴禄贞被刺后，朝野上下一片哗然。清廷致电段祺瑞，让他彻查，段祺瑞不能不程式化地传讯了周符麟。只不过这一传讯过程无非是演戏，只是走个过场而已，周符麟很快就被无罪释放。

吴禄贞被刺，直接导致燕晋联军成为昙花一现。已归吴指挥的晋军以及尚忠于他的部下只得退回山西，其他人则大多四散。

最初，晋军对到达石家庄的段祺瑞还抱有幻想。有人为阎锡山起草了一份致段祺瑞的书信，信上说当今中原名将首推段祺瑞、黎元洪，现黎已高举义旗，段也应继之而起，“以争功名于史册”。

写信之人很有文采。他还提到，石家庄乃古代韩信灭赵兴汉之地，段祺瑞完全可以效仿韩信，“张吾汉帜，而媲美于古英”。

段祺瑞哪吃这一套，他收信后即冷笑着对送信人说：“可劝伯川（阎锡山另一字）取消都督，再休胡闹了！”

段祺瑞此举激起了晋军的愤怒，纷纷表示：“如能捕段，必拿他的态度做报复！”

话音刚落，清廷新派的军队已经杀了过来。晋军抵敌不住，只得放弃太原，在阎锡山的率领下逃往包头避难。如此窘境之下，自然更谈不上逮捕或报复段祺瑞了。

袁世凯原先最为担心就是北方问题，如今段祺瑞平定风波，可算是除去了他心中的一个大患。与此同时，代替荫昌出任第一军总统的冯国璋也在湖北前线击败了革命军。

荫昌出师不利，除了他本身缺乏指挥和实战经验外，“不知有朝廷，唯知有项城（袁世凯）”的北洋将领不肯卖力，以及前线部队尚未完全集结就绪也是重要原因。随着冯国璋南下，这些对清军不利的因素都得到扭转——冯国璋本人位列“北洋三杰”中的“豹”，军事上自非浪得虚名；第一军的几个协统都是冯的旧部或亲信，听说冯国璋指挥他们，皆能抖擞精神，以便在老上司面前显一显能耐；集结在前线的清军已达万余，装备有新式的机枪和重炮，从人数到武器都占有很大优势。

就在段祺瑞平息北方风波期间，冯国璋也攻陷了汉口。袁世凯抓住时机，以实行君主立宪为条件，向革命党人提出“和平了结”。

虽然他的这一倡议遭到了湖北军政府的否决，但无论是黎元洪还是后赶到武汉指挥作战的黄兴，都表示希望袁世凯能成为“汉族之拿破仑、华盛顿”，并呼吁他“以拿破仑、华盛顿之资格，出而建拿破仑、华盛顿之事功”。

不知不觉中，袁世凯已成为时局中心人物，不但清廷倚重他，革命党人也要拉拢他。这种左右逢源、牵一发而动全身的地位和作用，正是袁世凯自复出以来一直希望达到的。

1911年11月13日，袁世凯在卫队保护下入都。三天后宣布组阁，正式就任内阁总理大臣一职。