段祺瑞在北洋系中拥有很高威望，同时护国军方面也把他视为一个当仁不让的实力派，不敢轻视，蔡锷回云南之前就曾拜访段府，由他来与西南交涉是袁世凯不得不做出的选择。

3月23日，段祺瑞被任命为国务卿兼陆军总长。按照段祺瑞的想法，他此时的地位和作用就好比是辛亥革命时的袁世凯内阁，一定要有实权，而不是一个橡皮图章，否则只会一事无成。

袁世凯取消内阁，设置政事堂和国务卿，是把后者作为他的办事机构以及办事人员。段祺瑞当然不会满意，他要求改政事堂为责任内阁制，改国务卿为总理。

袁世凯是个把权力看得很重的人。他生平最恨的就是责任内阁制，知道那样一来，内阁将掌实权，总统就被架空了。当初宋教仁要搞责任内阁制，他知道后每天觉都睡不好，饭也吃不香，直到宋教仁被暗杀才松了口气。

换在其他时候，袁世凯是死也不肯交权的，只是时移势易，一切都由不得他了。5月8日，袁世凯正式下令取消政事堂，恢复国务院和总理名称。

段祺瑞组阁后，首先想到的就是起用徐树铮担任国务院秘书长。考虑到袁世凯非常不喜欢徐树铮，二人还曾因此闹过几次不愉快，段祺瑞便请张国淦去向袁世凯进言。

袁世凯听后果然很不高兴，他恨恨地说：“真是笑谈，段总理是军人，徐某亦军人，以军人总理而用军人秘书长，这里是东洋刀，那里也是东洋刀，太不像话！”

张国淦受段祺瑞之托，不得不婉言相劝，袁世凯这才让了一步：“总理若以徐某之才可用，不妨令其为陆军次长。”

徐树铮是段祺瑞的“灵魂”，碰谁都可以，就是不能碰他。张国淦向段祺瑞复命，话还没有说完，段祺瑞便猛地将桌子一拍：“就是不肯答应吧！”

随后，他又把衔在嘴里的烟斗使劲甩在桌上，怒气冲冲地说：“到了今天，还是如此！”对袁世凯的不满之情溢于言表。

胳膊扭不过大腿，最后徐树铮只当了国务院的帮办秘书。除此之外，为进一步加强内阁的权力，段祺瑞要求撤销大元帅统率办事处等三大机构，袁世凯非但不肯撤，还让梁士诒等人暗地里予以掣肘，段祺瑞得知后自然更为生气。

段祺瑞重新出山以来，本想有所作为，替袁世凯摆平时局，尽可能帮他保住总统的位置。现在见袁世凯对自己仍持这种态度，既不能放心又不肯放手，顿感心灰意冷，在联络北洋将领、应付南方反袁声潮上也不再尽心尽力，很有点听任其发展的架势。

袁世凯到此境地，还能跟人讨价还价，当然是以为瘦死的骆驼比马大，北洋将领纵使大部叛己，毕竟还有一些未独立省份和亲信心腹可以作为倚靠。

在未独立省份中，陕西、四川最为紧要——陕西被袁世凯作为根据地，由其心腹之一陆建章担任将军，四川则是对西南作战的最前线，所以派陈宧做总督，两省一前一后，称得上是袁世凯的两大精神支柱。

进入5月中旬，连这两根支柱都相继倒了下去。5月18日，原同盟会会员、陕南镇守使陈树藩宣告陕西独立，陆建章被逐出陕西。

仅隔四天，即5月22日，袁世凯最为信任的陈宧竟然也在四川宣布独立，并致电袁世凯，表示与他“断绝关系”。

从前的马屁拍得有多响，“心腹”们如今反击的火力就有多猛。由于本为其亲近之人，陈宧在通电中揭发袁世凯的力度和语气，甚至为蔡锷等人所不及，在电报末尾，他还无中生有地爆料说，“袁逆”（指袁世凯）已经秘密将三千万巨款汇往英国，准备逃亡了。

陈宧通电送到的时候，袁世凯正在吃馒头，还没来得及拆看电报。一个馒头被切成四片，吃完三片，梁士诒走了进来，袁世凯问他，陈宧发电报来是什么意思？也要反戈一击，逼我退位吗？

梁士诒知道袁世凯极为宠信陈宧，于是连忙回答说不至于这样吧。袁世凯听了顿时觉得心里踏实了些，这才把剩下的馒头片吃了下去。

接着，他和梁士诒一同阅读来电。看完电报内容，梁士诒瞠目结舌，袁世凯更是又惊又气，立刻拂袖而走。之后，他便一个人喃喃自语：“人心大变，才会弄成这样……”

段祺瑞刚刚出山和袁世凯会面的时候，曾把略通医术的曾毓隽一道带去袁府，让他对袁世凯察言观色，以便判明对方究竟是真病还是假病。当时袁世凯的病榻前放着中医脉案和药方，但曾毓隽发现袁世凯面色红润，言语动作也没有什么明显异常，换句话说，他有病不假，然而病情并不重。

可是此后袁世凯事必躬亲，即便请出徐世昌、段祺瑞后，依旧不肯完全放权，大事小事都要过问，这就极大地损耗了他的精力和体力。与此同时，外界今天一个独立电，明天一个劝退电，国贼之骂不绝于耳，连一些老朋友、老部下也都指名道姓地骂他，无疑又让他在精神上承受了巨大压力。

就算是这样，老袁还能硬撑，陈宧电报一来，他就再也支撑不住了，开始不断咳嗽气喘，原本尚不算严重的病情逐渐加重，直至一病不起。有好事之人戏言，三国陈琳替袁绍写檄文，痛骂曹操，不料反而治愈了曹操的头痛病；同样姓陈，陈宧的电报对袁世凯而言，却不啻一道催命符。

5月29日，袁世凯的另一名宠臣、湖南将军汤芗铭也通电独立。至此，袁世凯彻彻底底地尝到了众叛亲离的滋味，同时也受到致命打击，时人有“送命二陈汤”之语，“二陈”指陈树藩、陈宧，“汤”指汤芗铭。