对曾毓隽重提的联孙话题，段祺瑞深以为然，遂再次派人敦请孙中山早日入京。1924年12月31日，已在途中身染重病的孙中山应邀扶病入京。第二天，段祺瑞在北京召开善后会议，同时电邀孙中山、黎元洪以及在京的国民党人参加。

按照“三元老方案”，应该是先开国是会议，再讨论就职，现在段祺瑞却是以执政的身份主持会议，而且孙中山随后对会议所提出的修改意见，也未被段祺瑞所接受。孙中山对此表示强烈不满，除他自己拒绝与会外，同时命令国民党人一律不参加会议。黎元洪和西南要人也都以拒绝与会作为抵制。

因为到会人数不足，善后会议被迫拖了两周时间才召开第一次正式会议。虽然段祺瑞的执政地位通过这次会议获得了法律依据，但他的两大愿望都落空了，既不能与国民党顺利合作，也无法取得西南诸侯的支持。

抛去西南方面不谈，孙、段其实从根子上就无法融合。孙中山是革命领袖，他的那套三民主义及其三大政策，与整个北洋系都格格不入。段祺瑞作为北洋领袖，本身就自有一套，当然更无法接受和吸收孙中山所提出的东西。

自孙、段以下，情形也是如此：一般段派人员基于南北成见，对国民党人不能推诚相见，而国民党人对段政府同样猜疑加指责，始终不能信任。

随孙中山一同进京的汪精卫曾到段公馆与段祺瑞见面，但却话不投机，越说越拧。双方不但不能解决任何问题，还弄得很不痛快。

也许求同存异的唯一办法，就是双方领袖能够坐下来面对面地认真地谈一谈，但自孙中山到京后，孙、段始终未能正式会晤。某次，有人问随孙中山一同进京的汪精卫：“先生（孙中山）北来，老段有没有拜会过先生？”汪精卫回答：“这个契弟（汪的口头禅，用以指代他所不喜欢的人）怎会来看先生的！”

其实汪精卫说的并不是真话。自孙中山来京后，段祺瑞曾多次要亲访孙中山，以交流意见，但都被汪精卫等人挡驾。国民党人倒也不是故意要为难老段，而是在京名医在对孙中山的病情进行会诊后，一致认为病人应完全静养，严禁会客。平时能够与孙中山见面的仅汪精卫、孙夫人宋庆龄等少数人，连许多国民党元老都被迫打消了同孙中山会面的念头。

1925年3月12日，孙中山病逝于北京。虽然政见不合，但段祺瑞总体来说对孙中山是尊重的，当孙中山逝世的消息传来时，他正在出席国务会议，听闻后立即宣布散会，除派人到孙中山行辕吊唁外，还批准内务部所议，对孙中山采用国葬的方式下葬。

反而在京的国民党中执委认为在广东有己方的政府，不能承认北京政府所做的决定，因而拒绝国葬，只同意采用国民葬礼。

到了孙中山发丧公祭的日子，根据原定安排，段祺瑞本来要亲临吊奠，他也已经穿好大礼服，准备登车前往。这时京师警察总监朱深来段公馆报告，说他刚刚由设祭的中央公园赶来，并且说他已侦听到，国民党人将在段祺瑞设祭时施以非常手段。

曾毓隽正好也在段祺瑞身边，他不相信朱深所说，认为太过离奇，不足为信。朱深赌咒发誓他所说的都是事实，乃至于声泪俱下。其他人见状都站到了朱深一边——且不说朱深吃的是警察饭，没有确凿证据，不会在这么重要的事情上撒谎。即从早期国民党人的处事风格来看，刺杀乃其家常便饭，未必就不会有国民党人因孙氏的去世而迁怒于段，从而做出极端之事。

当然，也很有可能朱深只是神经过敏。可是试问，段祺瑞若真的去主祭，谁能确保他绝对安全？谁都不能，曾毓隽亦不例外。

段祺瑞患足痛症已有四五年之久，严重时，即便用大量的麻醉剂也无法减轻疼痛，必须将两脚放在装满冷水甚至冰水的桶内泡上半个小时，方可减轻疼痛。当是与段比较熟悉的军政界人士经常看到的一幕。

就在公祭前两天，段祺瑞又正好足痛症发作，于是他便以腿脚肿胀，不能穿鞋为由，临时改派内务总长龚心湛主祭。汪精卫、李烈钧等国民党人本就对段政府心存种种误会，见此情景，更令他们大发雷霆，认为段祺瑞是有意托故不来参加。李烈钧公开大骂段祺瑞，说是“死总理吓倒了活执政”，前来主祭的龚心湛也被禁止从中路进入灵堂。

段祺瑞失去了与国民党恢复情感联系的最后一次机会。至此，段政府与国民党的关系完全破裂，国民党表示坚决不会再与段合作。与之相应，广东国民党政府决定仍由胡汉民代行大元帅职权，继续为北伐进行准备。