章士钊兼署教育总长伊始，他下决心从三件事抓起，即宣布大学统一考试，教育部专设考试委员会，主抓学生的入学及毕业考试；教育部设编译馆，督促奖励各大学教授著书、译书；合并北京八所大学。

章士钊的这些措施后来被认为皆切中时弊，但在当时遭到了教育界及青年学生的强烈反对，根本无法得到有效的贯彻实施。因阻止学生参加5月7日的“国耻纪念日”，章士钊自己的住宅也被激愤的学生捣毁，各校学生还聚会请愿，要求罢免章士钊。

章士钊整顿学风的举措归于失败，他被迫呈请辞去本兼各职，经段祺瑞挽劝，才重任司法总长职。

此后，学生参加政治运动更为积极踊跃。段祺瑞索性将司法总长委与他人，专调章士钊出任教育总长，意图整顿教育，抑制愈演愈烈的学潮。这时正好北京国立女子师范大学（女师大）的学生要求撤换杨荫榆，章士钊便率先拿女师大作为典型开刀。

女师大校长杨荫榆是中国第一位女大学校长，她遵循西方教育理论，主张学生应专心读书，不要参加和过问政治运动，在相应的校规校纪上也很严格苛刻，由此激起了学生和教职工的严重抗议。

女师大学生自治会派代表前往教育部，要求教育部撤换校长。章士钊对学生的这种激烈行为非常恼火，决心以强力压制的办法加以整顿。在他的公开支持下，杨荫榆宣布开除刘和珍、许广平等六名学生自治会成员。

女师大学生针锋相对，决定驱逐杨荫榆，发起“驱羊（杨）运动”，从而爆发了女师大风潮。其间，鲁迅、钱玄同等七名教育界名士联合发表宣言，表示坚决支持学生，鲁迅还因此被章士钊开除了在教育部的职务。

鲁迅早就在文坛声名远播，其杂文之杀伤力更是无人能及。他不仅在文章中将章士钊骂得狗血淋头，毫不客气地称章“是凶兽样的羊，羊样的凶兽”，而且还拿起法律武器，告倒了这位昔日上司。

最终扛不住的不是学潮中的师生，而是早已丧失实力的执政府。除杨荫榆被免去校长职务外，章士钊也在其住宅再度被学生捣毁后，被迫辞去教育总长一职。书生本色的章士钊在加入执政府前颇负时誉，但掌握教育部却让他背负了太多的骂名，结局可谓潦倒。

事实上，执政府如此“弱不禁风”，与学潮背后的政潮有着相当大的关系。国共两党当时为反奉倒段，采取了联合冯玉祥及国民军的策略。冯玉祥则密嘱鹿钟麟对运动加以保护。这样在国民军控制下的北京，由国共两党所领导的学生运动、群众运动便日益高涨，而且都将矛头集中指向了奉系和段祺瑞执政府。

段祺瑞的日子越来越不好过。除饱受舆论指责和攻击外，在北洋系内部，冯玉祥对他百般迫害，“挟天子以令诸侯”；张作霖也发表宣言，宣布东三省与执政府断绝一切行政关系。

虽然段祺瑞一直高度重视的关税会议仍无具体办法出来，但他实在是干不下去了，于是决心辞职。1926年1月6日，段祺瑞让人拟好了辞职电稿，但电文尚未发出，各报就已刊出内容。有的幕僚就趁势劝他不能示弱，段祺瑞性格耿直好强，也便将电稿收回，不再提辞职这件事了。

这时的执政府已形同虚设，政令不但出不了北京城一步，就连执政府的大门都出不了，段祺瑞每天的大部分时间都只能用于诵经、下棋。虽然他表面上显得十分悠闲安详，但其实忧心如焚，在这一期间所写的《因雪记》中，他叹息道：“纲纪荡然已久，太阿倒持（指大权旁落）有年，人事计穷，欲速不达。心力交瘁，徒劳无补。”

令段祺瑞忧虑的另一件事则是北方“阴云惨淡，兵气沉霾”。曾经由冯玉祥占据上风的“国奉战争”已出现新的转折，一度被逼得差点要下野的张作霖来了个绝地反击，他先是打败并枪毙了起兵反叛的郭松龄，接着又联合直鲁晋各军，将冯玉祥的国民军包围了起来。

夹于各方缝隙之中，冲突方彼此间挤压得越紧，也就意味着无权无勇的执政府越要倒霉了。